无公害淡水虾是一种无公害水产品，源于良好的养殖生态环境，按无公害水产品生产技术操作规程生产，从苗种的生产放养，到饲料、肥料、药品等一切投入品的使用，再到产品的捕捞、包装、贮运、上市等各个环节，将有毒有害物质残留量控制在质量安全允许范围内的水产品。无公害水产品必须是经过认证的无公害水产品基地所生产的产品，且产品必须经过认证。
无公害淡水虾的养殖过程中出现的疾病主要有黑鳃病、软壳病、纤毛虫病、肠炎病、红腿病和红体病。黑鳃病症状为虾鳃组织变黑、鳃丝萎缩糜烂。软壳病症状为虾壳变软，虾因脱壳困难而死亡。纤毛虫病症状为虾的鳃、体表、附肢上出现一层黑色绒状物，病虾呼吸困难。患肠炎病的虾解剖后发现肠道呈黑色，无食物，有的肠壁出现糜烂现象。红腿病症状为附肢变红。红体病症状为病虾不摄食，体表色素扩散，尾、足发红。
对病害的防治首先要认识清楚淡水虾疾病及其特征，对症下药;其次要了解药物的性状和作用，药物对环境的影响以及淡水虾对药物的反应特点合理用药;再有就是为保证淡水虾的无公害品质要控制用药。总之使用防治药物应符合中华人民共和国农业部颁布的《无公害食品渔用药物使用准则》NY5071-2002的要求。在无公害淡水虾的疾病治疗中还要考虑到药物的残留应符合国家对无公害水产品的要求，因此在用药时要注意各种药物的休药期。
综上所述，无公害淡水虾的养殖过程中从各方面都应该符合相关卫生标准，无公害淡水虾中不应该有寄生虫。
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