黄曲霉菌的毒性极强，远远高于氰化物、砷化物和有机农药的毒性，其中以B1毒性最大。当人摄入量大时，可发生急性中毒，出现急性肝炎、出血性坏死、肝细胞脂肪变性和胆管增生。当微量持续摄人，可造成慢性中毒，生长障碍，引起纤维性病变，致使纤维组织增生。AFT的致癌力也居首位，是世界上最强致癌物之一。
黄曲霉菌具耐热性，一般烹调加工温度不能将其破坏，裂解温度为1535℃。在水中溶解度较低，溶于油及一些有机溶剂，如氯仿和甲醇中，但不溶于乙醚、石油醚及乙烷。
食品中所污染的主要是黄曲霉毒素B1，其毒性一般认为有三种临床特征;急性中毒、慢性中毒和致癌性：它是一种剧毒物质，它的毒害作用，无论对任何动物，主要变化是肝脏，呈急性肝炎、出血性坏死、肝细胞脂肪变性和胆管增生。脾脏和胰脏也有重度的病变。长期摄入小剂量的黄曲霉毒素则造成慢性中毒。其主要变化特征为肝脏出现慢性损伤，如肝实质细胞变性、肝硬化等。出现动物生长发育迟缓，体重减轻，母畜不孕或产仔少等系列症状，而且一般通过黄曲霉毒素测定仪就能测定出来。
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