食品微生物是与食品有关的微生物的总称。包括生产型食品微生物(醋酸杆菌，酵母菌等)和是食物变质(霉菌，细菌等)和食源性病原微生物(大肠杆菌，肉毒杆菌等)。研究食品微生物的性状及其与食品相互关系的科学称为食品微生物学。它是一门由医学、农业、工业的微生物学中与食品生产有关的部分相互融合而成的一门学科。
食品中重要的微生物种类包括：酵母、霉菌、细菌、病毒和寄生虫。一般而言，酵母、霉菌不引起食品中的生物危害，只有细菌、病毒、寄生虫能引起食品的生物危害，使食品不安全。通过它的作用,可生产出各种饮料、酒、醋、酱油、味精、馒头和面包等发酵食品。还有一部分是引起食品变质败坏的微生物，又称食源性病原微生物，包括能引起人们食物中毒和使人、动植物感染而发生传染病的病原微生物。
通过食品加工技术处理，使食品成为不利于有害微生物活动的环境，阻止有害微生物对食品的危害，另一方面，利用某些有益微生物活动来抑制其它有害微生物的活动。因此，可以利用某些物理、化学因素抑制食品中微生物的活动，这是一种暂时性的保藏措施。
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