土壤含锰量在 20～10000ppm之间，平均值为1000ppm。受锰污染的土壤可使某些植物发生锰中毒。据研究，当植物含锰量超过600 mg/kg时就可能发生毒害作用，但各种作物又有区别，甚至在同一种植物的不同品种间也可相差好几倍。锰中毒会诱发双子叶植物棉花和菜豆发生缺钙(皱叶病)。这可能是由于锰过量使叶组织的阳离子交换量降低所引起的。
植物缺锰时，通常表现为叶片失绿并出现杂色斑点，而叶脉仍保持绿色。燕麦对缺锰最为敏感，常出现燕麦“灰斑病"，因此常用它作为缺锰的指示作物。豌豆缺锰会出现豌豆“杂斑病"，并在成熟时，种子出现坏死，子叶表面出现凹陷。果树缺锰时，一般也是叶脉间失绿黄化(如柑橘)。缺锰有时会影响植物的化学组成，如缺锰的植株中往往有硝酸盐积累。向日葵缺锰时体内有氨基酸积累。这些变化均可作为缺锰诊断时的参考。在成熟的叶片中，锰的含量为10～20 mg/kg(干重)时，即接近缺锰的临界水平。这一数值相当稳定，很少受植物种类、品种和环境条件的影响。低于此水平，植株的干物质产量、净光合量和叶绿素含量均迅速降低，而呼吸和蒸腾速率不受影响。缺锰的植株还表现出易受冻害。
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