有机肥中富含大量的有益物质，包括：都中有机酸、肽类以及包括氮磷钾在内的营养物质。不仅能够为农作物提供营养，还可以促进微生物的繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性。
有机肥可以修复土壤，在土壤修复技术中称之为堆肥法，即利用传统的堆肥方法，堆积污染土壤，将污染物与有机物，稻草、麦秸、碎木片和树皮等、粪便等混合起来，依靠堆肥过程中的微生物作用来降解土壤中难降解的有机污染物。
利用微生物修复的方法属于生物修复法，微生物能以有机污染物为唯一碳源和能源或者与其他有机物质进行共代谢而降解有机污染物。利用微生物降解作用发展的微生物修复技术是农田土壤污染修复中常见的一种修复技术。这种生物修复技术已在农药或石油污染土壤中得到应用。在中国，已构建了农药高效降解菌筛选技术、微生物修复剂制备技术和农药残留微生物降解田间应用技术;也筛选了大量的石油烃降解菌，复配了多种微生物修复菌剂，研制了生物修复预制床和生物泥浆反应器，提出了生物修复模式。近年来，开展了有机砷和持久性有机污染物如多氯联苯和多环芳烃污染土壤的微生物修复技术工作。分离到能将多环芳烃作为唯一碳源的微生物如假单胞菌属、黄杆菌属等，以及可以通过共代谢方式对4 环以上多环芳烃加以降解的如白腐菌等。
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