厄尔尼诺现象造成全球局部性气候反常，它不仅是引发旱、涝、火、风、雾及海洋风暴和赤潮等灾害的直接原因，近百年来我国的严重洪水，如1931年、1954年和1998年长江中下游地区的洪水，都发生在厄尔尼诺现象出现的次年，发生后的冬季，我国北方地区容易出现暖冬，给人类生命、财产造成巨大损失，而且还是导致多种疾病的高发和流行的“帮凶”。
那么，就我国而言，厄尔尼诺为什么导致我国北旱南涝呢？
我国是典型的大陆性季风气候国家，降水主要集中在西南和东南季风盛行的夏季。来自海洋的暖湿气流可以深入到内陆地区，产生丰沛的降水。我国东部的雨带具有明显的季节性和向北推移的特点。
一般情况下，5月，副高的位置偏南，我国雨带维持在华南地区;6月中旬到7月，副高向北推移，跳到长江流域，长江中下游地区出现大范围持续多雨天气，这就是著名的江淮梅雨;7月中旬，副高再次北跳，雨带移到黄河流域，长江中下游处于副高控制下，进入伏旱期;8月中旬，副高达到最北的位置，东北、华北、河套进入雨季。8月下旬副热带高压开始向南撤退，东部地区的雨季相继结束。由此可见，副热带高压对我国气候起着举足轻重的作用。如果副高在一个地方停留的时间过长或者过短，比常年偏强或者偏弱，都会造成我国东部地区旱涝异常。
厄尔尼诺年的夏季，由于赤道东太平洋海温升高、哈得来环流加强，导至太平洋副热带高压强度增强;但西太平洋海温降低，大气对流活动减弱，却使副高位置偏南。研究表明，西太平洋副高对厄尔尼诺的响应要落后几个月，因而往往厄尔尼诺发生第二年这种相关关系更加显著一些。另外，受环流形势的影响，冷空气活动比较偏南，加之夏季风偏弱，暖湿气流北上势力不强，因此冷暖空气交汇产生的季风雨带也随之偏南，从而使长江中下游地区多雨以至发生洪涝，黄河及华北一带少雨并形成干旱。
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