农业对土壤的污染，主要就是因为过量的使用农药化肥造成的。中国是使用化肥量最高的国家，但是中国化肥的利用率不高，当季氮肥利用率仅为35%。据联合国粮食及农业组织的资料显示，1980年至2002年中国的化肥用量增长了61%，而粮食产量只增加了31%。肥料利用率偏低一直是中国农业施肥中存在的问题。中国农田磷肥的利用率仅为10%～25%。磷肥利用率偏低不仅造成严重的资源浪费，还会使大量的磷素积累在土壤中，从而导致农田及环境污染。因此，提高磷肥的利用率对农业的可持续发展和环境保护等均具有重要意义。
化肥对土壤污染的影响
1.长年使用化肥会导致农田中重金属和有毒元素增加。因为，从化肥的原料开采到加工生产，会给化肥带进一些重金属元素或有毒物质，其中以磷肥为主。
2.土壤微生物是个体小而能量大的活体，具有转化有机质、分解矿物和降解有毒物质的作用。长年使用化肥会降低土壤微生物的数量和活性，难以转化及降解有害物质。
3.养分失调，硝酸盐累积
4.酸化加剧，pH变化太大
农药对土壤污染的影响
1.长期使用农药会使土壤明显呈酸性化。
2.农药不仅杀灭害虫，也杀害了其它益虫。有机磷农药污染的土壤中，动物种群的种类和数量明显减少。
3.过量的使用农药，会使土壤中残留很多农药，污染农作物，再通过食物链危害人的身体健康。
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