农业生产使用的化肥一大部分会落入泥土中，通过经流、淋溶、反硝化、 吸附和侵蚀等不同方式进入大气或沉留于土壤中，从而引发温室效应、水体富营养化和地下水硝酸盐含量超标，威胁农产品质量安全，造成农业生态破坏。
(一) 合理施肥是防治化肥污染的主要途径，最大限度地提高化肥的利用率，减少化肥的流失和挥发。不少地区由于施肥时期的不当和不适宜的施肥量，从而使化肥流失较严重，施肥效益偏低。随着我国农业科技水平的提高，应逐步推广土壤诊断和植物营养诊断等技术，并进一步发展施肥新技术。还要逐步改善化肥结构，改变目前磷、钾比例失调及化肥中大多为单营养元素肥的状况，提倡使用复合肥料。
(二) 有机肥与无机肥相结合使用。在肥料使用上，应强调有机肥和无机肥相结合的方针。积极推广增施农家肥，采取措施扶持发展绿肥以提高地力，减少化肥使用，提高合理耕作土壤，增强土壤降解污染物的能力。
(三) 合理的耕作措施，也是减少化肥流失、提高化肥利用率的重要途径。此外，严格检测化肥质量，防止有毒有害物质随化肥进入土壤。
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