海洋是受到外来物种入侵较为严重的区域，入侵物种通过改变环境条件和资源的可利用性而对本地物种产生致命的影响，不仅使生物多样性减少，而且使系统的能量流动、物质循环等功能受到影响，严重者会导致整个生态系统的崩溃。
我国外来海洋入侵生物的生态危害主要表现在以下4个方面。
(1)与土著生物竞争，破坏海洋生态平衡，威胁生物多样性
海洋外来入侵生物对入侵海域特定生态系统的结构、功能及生物多样性产生严重的干扰与破坏。外来海洋生物入侵造成的生态系统结构失衡、功能退化和生物多样性丧失愈加严重。
(2)与土著生物杂交，破坏遗传多样性，造成遗传污染
由于人类对海洋资源的开发利用强度日益加剧，我国海洋生物的遗传多样性已经受到各种威胁。其中，海洋外来物种是除生境破坏外生物多样性受到威胁的第二大因素，它通过与当地物种杂交或竞争，影响或改变原生态系统的遗传多样性。
(3)引入物种，带入病原生物
外来物种在迁移的过程中极可能携带病原微生物，而由于当地的动植物对它们几乎没有抗性，因此很容易引起病害流行，甚至可能对人类造成严重的伤害。
(4)暴发赤潮，导致海洋生态灾害
近些年来，我国沿岸海域赤潮灾害不断加剧。除了沿岸海域环境污染以外，外来赤潮生物的暴发性增殖也是重要的原因之一。
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