利用微生物降解作用发展的微生物修复技术是农田土壤污染修复中常见的一种修复技术。微生物能以有机污染物为唯一碳源和能源或者可以与其他有机物质进行共同代谢而降解有机污染物。目前，生物修复技术已在农药或石油污染土壤中得到应用。微生物土壤修复技术的优点是应用成本低，对土壤肥力和代谢活性负面影响小，可以避免因污染物转移而对人类健康和环境产生影响。但是其使用具有一定局限性，微生物遗传稳定性差、易发生变异，一般不能将污染物全部去除。微生物对重金属的吸附和累积容量有限，而且须与土著菌株竞争，受环境影响显著。
在中国，已构建了农药高效降解菌筛选技术、微生物修复剂制备技术和农药残留微生物降解田间应用技术;也筛选了大量的石油烃降解菌，复配了多种微生物修复菌剂，研制了生物修复预制床和生物泥浆反应器，提出了生物修复模式。微生物修复研究工作主要体现在筛选和驯化特异性高效降解微生物菌株，提高功能微生物在土壤中的活性、寿命和安全性，修复过程参数的优化和养分、温度、湿度等关键因子的调控等方面。目前，正在发展微生物修复与其他现场修复工程的嫁接和移植技术，以及针对性强、高效快捷、成本低廉的微生物修复设备，以实现微生物修复技术的工程化应用。
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