应为围湖造田的对环境的影响很大，因此不能随意的进行围湖造田。首先，围湖造田加快了湖泊沼泽化的进程,使湖泊面积不断缩小，地表径流调蓄出现困难，导致旱涝灾害频繁发生。其次，围湖造田过度围垦往往会损害湖泊自然资源，破坏湖泊生态环境和调蓄功能。围垦使水禽赖以生息的大片芦苇、荻丛环境遭到破坏，使水生动、植物种类发生变化，有些种群几乎绝迹，健闸使江湖隔断，洄游、半洄游鱼类的游动通道受阻，破坏了繁殖、肥育的生态条件，使湖区水产资源受到极大损害。中国的洪湖、鄱阳湖、洞庭湖、滇池等湖泊，自60年代以来被大规模围垦造田，加剧了湖区环境生态的劣变。例如，2007年湖南曾大面积爆发鼠灾，据中国科学院亚热带农业生态研究所研究员张美文教授表示，对洞庭湖的围湖加速了淤塞，沼泽植被被扩大，为田鼠提供了更多的繁殖空间;使得原本生活在湖滩上的田鼠，因为围湖堤坝的挡水作用，使它们在洪水到来时能逃生，即使洪水来袭，这些位于湖内的大大小小的堤坝，为成为田鼠逃到大堤避洪的中转站或安全岛。再次，围湖造田地区土壤稳定性差。围湖造田地区土壤水溶性有机碳和易氧化碳分配比例高于相同气候去的山地森林土壤，颗粒有机碳分配比例较低说明土壤易分解组分占总有机碳比例较高，而保护性组分所占比例较低，围湖地区土壤稳定性较差。
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