黄河源区土地沙化会导致生态环境遭到严重破坏，草地严重退化，鼠虫害肆虐，水土流失加剧，湖泊萎缩，湿地退化，失去了生物生存的条件，生物种类、数量锐减。
1.草地严重退化
据统计，黄河源区退化草地343.13万hm2(包括沙化草 地)，占黄河源区草地可利用面积的36.56%。草地优良牧草减少，毒杂草成分占50%~70%，草场利用价值明显下降。
2.鼠虫害肆虐
全区鼠虫害面积325.33万hm2 ，占全区可利用草地面积的34.66%。其中，鼠害面积237.33万hm2，占全区可利用草地面积的23.29%，主要害鼠为高原鼠兔、高原鼢鼠。害鼠不仅消耗了大量的牧草，同时鼠类的啃食、掘洞等活动造成了大面积的裸地，加速了黑土型退化草地的发生。害虫发生面积88万hm2，占全区可利用草地面积的9.38%，主要害虫有蝗虫和草原毛虫。
3.水土流失加剧近年来，黄河源区土地沙化会导致草场退化，森林面积不断减小，虫鼠害严重，导致源区水土流失加剧。
4.生物多样性种类和数量锐减
青藏高原孕育了独特的生物区系和植被类型，被誉为 高寒生物种质资源库。许多生物物种为青藏高原特有，如藏野驴、野牦牛、岩羊、藏原羚、白唇鹿、雪豹等野生动物及华福花、星叶草、藏荠、藏蒿、青藏苔草等野生植物。目前青海省受到威胁的生物物种约占其总类的15%~20%，高于世界10%~15%的平均水平。
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