农村生态环境遭到严重破坏，生态失衡，自然资源利用率降低，已经严重制约着农村的可持续发展，农村生态环境破坏主要表现为以下几点：
1.水体污染严重，水生态系统破坏
农村水体污染主要表现是工业污水、农业污水和生活污水三污合流”，未经处理的废水直接污染饮用水源，无法满足农田灌溉;同时近几年农村旱涝灾害频发，河流断流，湖泊萎缩，鱼虾绝迹，天然绿洲消失，水库蓄水减少，地下水位下降严重。
2.基础设施建设落后，固体垃圾污染严重
长期以来，村庄建设规划差，基础设施少，道路无硬化、无公厕、人畜居住混杂、不可降解农膜使用量急剧增加却无法回收，固体垃圾随意堆放。
3.农业生产不当，环境资源破坏严重
农民环保意识比较薄弱，滥施农药、化肥，恳荒围湖造田，乱挖乱采，不仅农业产品受到严重污染，也逐渐污染了土壤、空气、水源，对农业生态系统造成极大威胁。另一方面由于人多地少，再加上自然灾害多发，土地退化、沙化、碱化严重，进一步加剧了人地矛盾。
4.集体林权改革滞后，林业生态系统破坏
集体林权改革滞后，经营主体不明确、经营机制不灵活、利益分配不合理，严重影响了农民发展林业的积极性。其次地方政府决策不当，盲目开发山区，发展果业，加剧了森林植被破坏。再由于农村经济落后，农民伐木为柴，乱砍滥伐现象屡禁不止，结果是森林生态系统的破坏，使生物多样性环境遭受了破坏，并造成了大量水土流失，土地蓄水量下降。
5.工业向农村的转移，加剧了农村的工业污染
乡镇企业大多是一种以低技术含量、布局不合理、无集聚效应、粗放经营为特征的工业化。由于其生存环境、基础条件及管理水平的相对薄弱，造成污染后缺乏治理技术与资金，治理困难，使农村生态环境产生工业化污染问题。同时大量污染严重的城市工业企业搬迁到城郊或农村地区，或者直接将城市垃圾运往农村，造成城市工业污染“上山下乡”。
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