生态旅游的健康发展在经济上有利于促进旅游经济的持续增长，并不断为地方经济注入新的发展资金;在环境保护方面可以对自然环境的保护和管理给予资金的支持，提高旅游经营管理者、旅游者和当地居民对环境保护的意识;在社会效益方面促进公平分配，有利于居民就业机会的增加等，这一切将有效地促进生态旅游地社会、经济、文化的全面进步和协调发展。除了优点，但是生态旅游也存在着弊端。
生态旅游的负面影响
(1)自然环境遭到破坏。目前，生态旅游的主体是森林(自然保护区、森林公园及其他风景区)，调查显示，22%的自然保护区由于开发生态旅游而造成保护对象的破坏，11%的自然保护区出现旅游资源退化。
(2)降低大气和水体环境质量;改变生物种群生长发育环境，降低生物多样性;降低生态景观品质和格调。
(3)随着大量外地旅游者的进入，有可能促使本地社会文化结构和风俗习惯的变化，使当地资源开发价值降低。
(4)多种矛盾日益尖锐：旅游业快速增长的巨大需求同有限的旅游资源之间的矛盾;旅游业的迅速发展与生态系统、生物多样性保护之间的矛盾;旅游业发展对高质量环境的需求与日益恶化的环境状况之间的矛盾;旅游业竞争的加剧与我国旅游业发展中科学技术水平相对落后之间的矛盾。
(5)以保护区为主的生态旅游大多处于起步阶段，属大众旅游。对100个省级以上保护区调查，18%尚未旅游，已开展旅游的82个保护区中5%是80年代前开始的，31%是80-90年代期间开始的，63%是从90年代开始的。
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