生态农业的生产以资源的永续利用和生态环境保护为重要前提，根据生物与环境相协调适应、物种优化组合、能量物质高效率运转、输入输出平衡等原理，运用系统工程方法，依靠现代科学技术和社会经济信息的输入组织生产。通过食物链网络化、农业废弃物资源化，充分发挥资源潜力和物种多样性优势，建立良性物质循环体系，促进农业持续稳定地发展，实现经济、社会、生态效益的统一。因此，生态农业是一种知识密集型的现代农业体系，是农业发展的新型模式。
根据生态学的组织层次，生态农业的模式可以分为三个层次，即区域与景观布局模式、生态系统循环模式和生物多样性利用模式。在一个农业的区域和景观区中，最重要的就是平衡农业生产、生活、生态功能的整体布局。在一个通过能量和物质流动串联起来的农业生态系统中，最重要的就是保证能流、物流的畅通和物质的循环利用。
我国生态农业在20世纪70年代主要措施是实行粮、豆轮作、混种牧草、混合放牧、增施有机肥，采用生物防治，实行少免耕，减少化肥、农药、机械的投入等;80年代创造了许多具有明显增产增收效益的生态农业模式，如稻田养鱼、稻田养萍，林粮、林果、林药间作的主体农业模式，农、林、牧结合，粮、桑、渔结合，种、养、加结合等复合生态系统模式，鸡粪喂猪、猪粪喂鱼等有机废物多级综合利用的模式。
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