生态农业最早于1924年在欧洲兴起，20世纪30-40年代在瑞士、英国、日本等得到发展;60年代欧洲的许多农场转向生态耕作，70年代末东南亚地区开始研究生态农业;至20世纪90年代，世界各国均有了较大发展。
生态农业步骤可以分为探索、关注、发展三个阶段
1.探索阶段
生态农业最初只由个别生产者针对局部市场的需求而自发地生产某种产品，这些生产者组合成社团组织或协会。英国是最早进行有机农业试验和生产的国家之一。当时的生态农业过分强调传统农业，实行自我封闭式的生物循环生产模式，未能得到政府和广大农民的支持，发展极为缓慢。
2.关注阶段
到了20世纪70年代后，一些发达国家伴随着工业的高速发展，由污染导致的环境恶化也达到了前所未有的程度，尤其是美、欧、日一些国家和地区工业污染已直接危及人类的生命与健康。这些国家感到有必要共同行动，加强环境保护以拯救人类赖以生存的地球，确保人类生活质量和经济健康发展，从而掀起了以保护农业生态环境为主的各种替代农业思潮。生态农业在这时期引起了各国的广泛关注，无论是在发展中国家还是发达国家都认为生态农业是农业可持续发展的重要途径。
3.发展阶段
90年代后，特别是进入21世纪以来，实施可持续发展战略得到全球的共同响应，可持续农业的地位也得以确立，生态农业作为可持续农业发展的一种实践模式和一支重要力量，进入了一个蓬勃发展的新时期，无论是在规模、速度还是在水平上都有了质的飞跃。
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