海水入侵是源于“人为超量开采地下水造成水动力平衡的破坏”。海水入侵使灌溉地下水水质变咸，土壤盐渍化，灌溉机井报废，导致水田面积减少，旱田面积增加，农田保浇面积减少，荒地面积增加。最严重的会导致工厂、村镇整体搬迁，海水入侵区成为不毛之地。
由于大量水井非法私采地下水，造成深圳地下海水入侵严重，另外有限的地下水资源与日益膨胀的需求间产生了严重矛盾，这被学界认为是海水入侵的主要原因。那如何防治海水入侵呢?
首先、最关键的是要严控地下水开采量。制定禁止开采区和限制开采区的保护规划，以恢复地下水的良性循环。
其次要强化节约用水管理，发展节水型工业、农业和服务业。工业用水提倡循环利用，农业要加大节水型新技术灌溉设施建设。
最后要支持截流、截潜和集雨工程，增加地表水蓄水量，增强地下水补给量，让淡水资源最大程度在内陆消化。
由于灾害性海水入侵活动主要是由于滨海地区高强度抽取地下水引起的,所以防治海水入侵的基本途径是加强滨海地区地下水动态监测工作,根据不同地区的水文地质条件,严格控制滨海地区地下水的开采量,保护水资源环境。
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