当宇宙射线流的强度突然变大，透过大气层的深度会增加，很可能会对空中交通产生一定程度的影响。比方说，现代飞机上所使用的控制系统和导航系统均有相当敏感的微电路组成。一旦在高空遭到带电粒子的攻击，就有可能失效，给飞机的飞行带来相当大的麻烦和威胁。
近些年，普遍受到国际社会关注的全球变暖问题很有可能也与宇宙射线有直接关系。宇宙射线有可能通过改变低层大气中形成云层的方式来促使地球变暖。由于来自外层空间的高能粒子将原子中的电子轰击出来，形成的带电离子可以引起水滴的凝结，从而可增加云层的生长。也就是说，当宇宙射线较少时，意味着产生的云层就少，这样，太阳就可以直接加热地球表面。对过去20年太阳活动和它的放射性强度的观测数据支持这种新的观点，即太阳活动变得更剧烈时，低空云层的覆盖面就减少。这是因为从太阳射出的低能量带电粒子(即太阳风)可使宇宙射线偏转，随着太阳活动加剧，太阳风也增强，从而使到达地球的宇宙射线较少，因此形成的云层就少。地表吸收的太阳辐射高，温度就高。
此外，还认为宇宙射线很有可能与生物物种的灭绝与出现有关，突然增强的宇宙射线很有可能破坏地球的臭氧层，增加地球环境的放射性，导致物种的变异乃至于灭绝。
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