有些情况下，初侵染菌源虽来自田外，但菌量很少，且菌源传来时间较短，这些早期到来的少量菌源也会形成一些传病中心，再经两三代高速繁殖引致全田发病。例如，北方冬麦区的小麦秆锈病流行就属于这种情况，那应该如何防治植物病害呢？消灭病原物或抑制其发生与蔓延;提高寄生植物的抗病能力;控制或改造环境条件，使之有利于寄主植物而不利于病原物，从而抑制病害的发生和发展。一般以预防为主，因时因地根据作物病害的发生、发展规律，采取具体的综合治理措施。每项措施要充分发挥农业生态体系中的有利因素，避免不利因素，特别是避免造成公害和人畜中毒，使病害压低到经济允许水平之下，以求达到最大的经济效益，那么怎样防治药用植物真菌病害的发生呢？
1、噻菌铜（龙克菌）：噻菌铜（龙克菌）在防治细菌性病害时，按照500—700倍稀释喷雾或者灌根或者泼浇或者拌种、浸种，是防治蔬菜（白菜、黄瓜、番茄）、果树（柑橘）、果类（西瓜）、烟草、兰花、棉花和水稻等9大农作物12个细菌性病害的新型理想药剂。
2、噻枯唑（叶枯唑）：对防治水稻细菌性条斑病和白叶枯病有效。由于在水稻上登记时间超过30多年，水稻已经产生了很大的抗药性，叶枯唑防治效果在不断地下降。由于登记企业过多，市场竞争无序，价格非常混乱，其已处于没落状态。
3、氢氧化铜：在水稻上未曾登记，在经济作物如蔬菜（黄瓜、辣椒和西瓜）、果树（柑橘、葡萄和荔枝）和烟草登记广泛，是常见的防治蔬菜细菌性病害的无机铜制剂。在花期和幼果期比较敏感，不可与酸性农药混用，宜单独喷洒。与春雷霉素的混剂对苹果、葡萄、大豆和藕等作物的嫩叶敏感，因此一定要注意浓度，宜在下午4点后喷药。由于登记企业比较多，价格悬殊大，真假难辩，市场也极其混乱。
4、乙蒜素：登记作物广泛，对细菌和真菌都有一定的防治效果，也是比较常见的防治细菌性病害的药剂。
5、春雷霉素：登记作物广泛，在果树、蔬菜和水稻上均有应用，杀菌谱比较广泛，对细菌、真菌均具有一定的防治效果。对大豆、葡萄、柑桔、苹果等有轻微药害，在邻近大豆地使用时应注意。
6、菌毒清：登记作物广泛，杀菌谱也比较广。曾经是防治水稻细菌性病害的传统药剂。本品不宜与其它药剂混用。因气温低，药液出现结晶沉淀时，应用温水将药液温至30℃左右，将其中结晶全部溶化后再进行稀释使用。
7、农用链霉素：是最常见的防治细菌病害的抗生素类杀菌剂，在蔬菜（大白菜、黄瓜）、果树（柑橘）、水稻和烟草上均有登记。过去曾经是防治细菌性病害的传统产品，近年来抗药性不断地增强，防治效果也不断地下降，加之登记企业比较多，市场竞争无序，价格体系比较混乱，假货鱼目混珠。国家对农用抗生素的严格管理（被列为“处方药剂”），链霉素的前途令人堪忧，属于“夕阳型产品”。切勿与碱性农药或污水混合使用。药剂使用时应现配现用，药液不能久存。2016年6月，将停止续展，将停止登记。
8、琥胶肥酸铜：登记作物和防治对象都比较广泛，对细菌和真菌均有一定防治效果。使用时药液浓度不得过大，否则易产生药害。
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