不吃早餐对消化系统的危害首当其冲。正常情况下，头天晚上吃的食物经过6小时左右就从胃里排空进入肠道。第二天若不好吃早餐和午餐，胃酸及胃内的各种消化霉就会去“消化”胃黏膜层。
长此以往，细胞分泌黏液的正常功能会被破坏，很容易造成胃溃疡及十二指肠溃疡等消化系统疾病。
胆结石患者有90%以上有不吃早餐的习惯。如果不吃早餐，胃在没有食物的情况下，照样地蠕动，晚间所分泌的胃酸便会刺激胃壁，不但会损伤胃黏膜，还会使胆汁容易淤积，长时间下去，胆囊内多量胆固醇胆汁就会导致胆结石。
饮食偏荤喜甜者，也因脂肪和胆固醇摄入多，易形成胆结石。甜食过多又会促进胰岛素分泌，加速胆汁中胆固醇的沉积，形成胆结石。
很多爱美女性节食时，把早餐也算在内，这将为生殖系统健康埋下隐患。尤其冬季，不吃早餐，人体“火力”加倍不足，导致女性体寒，而这会使盆腔内的血管紧缩，致使卵巢功能紊乱，引发月经量过少，月经失衡，乃至闭经。
英国研究人员最近对100名学生进行调查研究后发现，经常感冒、生病这种情况尤其在不吃早饭的孩子身上发生。与那些不吃早饭的人相比，经常吃早饭的人，尤其是早饭吃谷类食物的人，患感冒较少，且较轻。
长期不吃早餐，容易使低密度脂蛋白沉积于血管内壁，导致动脉硬化的发生。另外，有科学家曾对长期不吃早餐的人群进行过详细研究，发现其患心肌梗塞等病症的几率也比正常进食早餐的人群高出许多。
在三餐定时情况下，人体内会自然产生胃结肠反射现象，促进排便。如果长期不吃早餐，造成胃结肠反射的动作会逐渐减弱，最后引起便秘。
人体经过一夜的睡眠，体内的营养已消耗殆尽，血糖浓度处于偏低状态，不吃或少吃早餐，不能及时充分补充血糖浓度，上午就会出现头昏心慌、四肢无力、精神不振等症状，甚至出现低血糖休克，影响正常工作。
