长期睡眠不足会影响心脏功能，心率的变化幅度会发生变化，其中心率变化幅度减小是引发心脏疾病以及其他心血管疾病的一个迹象，经常睡眠不足会使心脏负担增大而使人更容易患上心血管疾病。
2010年发表在《睡眠》杂志上的一篇文章中，来自美国西弗吉尼亚大学医学院的研究者回顾了2005年参与国家健康采访研究中30397名受试者的数据。他们发现，那些每晚睡觉时间少于7个小时的人患心脏病的风险增加了。尤其是那些年龄在60岁以下、每晚睡眠时间少于5个小时的女性，她们患心脏病的风险增加了两倍。
长期睡眠不足的人更容易患上泌尿系统疾病。长期睡眠不足或者是睡眠质量不好的人晚上起夜的次数会明显增多，甚至会引起尿失禁，引发泌尿系统炎症的发生等等。美国泌尿协会2011年5月会议上，新英格兰研究院的学者回顾了来自4145名中年男性和女性的数据，发现以下信息：
五年内睡眠不好，或睡眠不足（每晚少于5个小时），女性起夜（遗尿症）或尿失禁的风险就会增加80%~90%。有42%的女性将自己归为睡眠不安者，34%的男性属于此类。研究者推断，睡眠不足会引起炎症，这会导致一些泌尿问题。
长期睡眠不足的人更容易患上糖尿疾病。晚上时间较长，睡眠不足的人夜间空腹状态明显，很容易引起血糖水平的增高，长此以往会使人更容易患上糖尿病。另一方面长期睡眠不足影响身体的正常新陈代谢更容易加速身体2型糖尿病的进程。根据2011年一项发表在《糖尿病》杂志上的研究，美国芝加哥大学和西北大学的研究者发现患有2型糖尿病的人如果晚上睡不好，他们的空腹血糖水平要高出9%，空腹胰岛素水平高30%，胰岛素抵抗水平高43%。患有失眠症的糖尿病患者情况要更糟糕，比起不失眠的糖尿病患者，他们的空腹血糖水平高出23%，空腹胰岛素水平高48%，胰岛素抵抗水平高82%。
长期睡眠不足的人更容易患上乳腺癌。长期睡眠不足很容易导致乳腺癌症肿瘤细胞更具有侵袭性，另外长期睡眠不足也很容易引起人体免疫力下降而更容易遭受癌症细胞的入侵。所以长期每天睡眠时间不足6小时的人患乳腺癌的风险要高得多。日本东北大学医学研究院的学者研究了近24000名年龄在40~79岁之间的女性的数据，发现，那些每晚睡眠少于6小时的女性，患乳腺癌的风险要高62%，那些每晚睡眠多于9小时的女性患乳腺癌风险则降低28%。
长期睡眠不足的人更容易患上结肠癌。睡眠不足会影响人体褪黑激素的产生，褪黑激素是一种具有很强内源性的自由基清除剂，能够帮助防止细胞产生氧化损伤；另一方面睡眠不足的人更容易产生胰岛素抵抗而使人更容易患上结肠腺瘤、结肠癌的风险。
2011年发表的一项研究中，有1240名受试者，美国凯斯西部大学的研究者从中发现，比起睡眠时间至少7个小时的人，那些每晚睡眠少于6个小时的人患结肠直肠息肉的风险高出47%。
纽约哥伦比亚大学詹姆斯·甘维施博士日前在医学杂志《高血压》上发表报告说，长期睡眠不足似乎是罹患高血压的一个重要致病因素。在32岁到59岁的研究对象中，平均每晚睡眠不足6小时的人罹患高血压的几率比睡眠充足的人高一倍多，即便将肥胖与糖尿病考虑在内，睡眠不足与高血压之间仍有着重要联系。
