针对比较顽固和严重的扁桃体，使用抗生素治疗。青霉素或者红霉素可以治疗扁桃体结合但是却无法根除病因，也就是食物残留。
1、刮匙或钳子直接取出
压舌板于舌面前2/3与后1/3交界处压下，使咽部暴露清楚，找到结石位置之后，用刮匙直接取出结石。小结石可用刮匙或钳子挖出，大结石须在表面麻醉下切开粘膜取出，但须防止坠入呼吸道。 若因结石刺激引起周围炎症可以局部治疗。
2、激光治疗法
扁桃体结石可以考虑用激光去除，只是，激光疗法和刮除术虽然能够虽然有效但是却无法预防结石再生。
3、药物敷贴法
将药物直接贴于下颌部与扁桃体相对应处，以达到清热解毒，消肿散结的目的。很多中药贴剂，作用直接，对于慢性扁桃体炎，在急性发作时贴有治疗作用，在不急性发作时贴有清除病灶的作用。
4、水挑选法
大多数牙医和医生建议使用水接水及咸水含漱液消除扁桃体结石，而不是其他。 使用异物可造成疤痕和不适。 这只是不是好主意山指出物体到您的喉咙，以挑选出的石头。 水挑选将派遣一个温柔流的水把石头或洗出的隐窝，没有破碎，并释放出恶臭。
当然，臭小扁桃体结石也将离开你的口中。强大的漱口水经过认证，用于消除口臭，不仅防止口臭，更能有助于消除滋味以及减少细菌造成口臭。
5、手术切除法
（1）麻醉
用压舌板压住舌头，先将针尖刺入舌腭弓的上、中、下三处粘膜，注入1%普鲁卡因(麻药)3～4ml，再将针尖沿扁桃体周围刺入少许麻药;最后向咽腭弓的上方与扁桃体上极之间注入少许麻药，注射完毕后，过5min再进行手术。
（2）切口
用扁桃体钳夹住扁桃体向上提，再用扁桃体刀沿舌腭弓游离缘与扁桃体之间粘膜皱襞，自扁桃体上极向下切至舌腭弓根部，并向后切开咽腭弓与扁桃体间部分粘膜。将咽腭弓与扁桃体分开。
（3）剥离扁桃体
先用扁桃体抓钳挟住扁桃体上部，用扁桃体剥离器自舌腭弓切口处，由上向下将扁桃体在其被膜外下周围组织分离，直至其下极。
（4）切除扁桃体
将扁桃体圈套器的钢丝套住扁桃体，同时将扁桃体向上提，钢丝向下压，收紧钢丝圈，绞断扁桃体下极根蒂部分，将扁桃体完整切除下来。
（5）止血
切除扁桃体后立即用大棉球压迫扁桃体窝进行止血，见有血管出血，给予结扎。
（6）检查伤口
