舌头后面部位的扁桃体隐窝处的鼻后粘液中通常会积聚着一小团细菌，简单刷牙和漱口并不能有效去除这些细菌，细菌如果长时间停留在隐窝处，则导致不溶解的钙、镁等无机盐沉积在扁桃体隐窝中，从而形成结石。因此，不注重口腔问题、爱抽烟喝酒的自然容易得扁桃体结石。
另外，扁桃体结石是扁桃体隐窝里面的脓栓形成的，并不是真的结石。一般有慢性扁桃体炎的容易长结石，也就是说慢性扁桃体炎不及时医治，慢慢出现扁桃体结石的并发症。即扁桃体结石是由于扁桃体炎反复发作致隐窝口纤维化，引流受限，脱落上皮和细菌碎片形成的干酪样物积存于隐窝内形成的，小者如砂粒，大者如鸽卵。
如果没有什么不适的可以暂时观察，如果会有反复扁桃体感染的需要手术摘除扁桃体，避免导致并发症。
有些人扁桃体结石会自行脱落，但毕竟是少数，绝大部分患友需要借助外界来摘除结石，诸如咸水漱口、压水喷雾来冲洗、钳子取出等等。扁桃体结石摘除手术是最彻底的方法，也是最后选择的方法。
症状如慢性扁桃体炎。若结石周围有化脓感染，可有咽痛不适与反射性耳痛；重者感吞咽困难，言语含糊不清，口涎增多，张口受限等。有感染时，常自觉口臭。有时结石可自扁桃体上陷窝或舌腭弓处破出。
扁桃体结石可引起慢性口臭和不适。 扁桃体结石的人经常抱怨的实际疼痛和不适从这些小硬化声波提出在他们的喉咙。 除了带来的痛苦扁桃体石头，是可怕的恶臭，而且往往是造成口臭。
扁桃体结石的体积通常较小，多嵌在扁桃体上隐窝内，有扁桃体结石的人感觉不到任何的不适以及疼痛。扁桃体结石中含有大量的黄胺类物质，扁桃体结石同时含有大量的细菌，当扁桃体结石破碎时会散发出类似的臭鸡蛋气味硫化物气体，这也就是大家平时所称的口臭。扁桃体结石引起气味难闻的根本原因应该是感染的问题。另外有些分泌物不能及时清理就会形成一些比较难闻的气体。
对于这种情况的处理有二个原则，一个是及时清理分泌物，可以及时漱口或者用淡盐水漱口，这样可以及时清理掉分泌物，二是及时对感染进行治疗。如果有必要的话，可以考虑做扁桃体切除手术。
