香菇发霉，如果是新鲜香菇，发霉了就不要吃了。但是，如果是干香菇，只是稍微有点发霉，建议拿到太阳下暴晒干，用刷子刷一下,如果内部没有变质的话。一般就可以刷下来了。洗干净后还是可以吃的。当然，如果发霉比较严重的，也还是不要吃了。
香菇等干制品容易受黄曲霉菌污染，一般黄曲霉毒素在280度高温下才会发生裂解，一般的烹调并不能将其破坏，如果长期摄入这种毒素，容易诱发癌症，所以发霉的干香菇一定要谨慎食用。特别是发霉变质以后，内部变质了的，清洗食用也再无营养，洗不干净还会有残留的霉菌，不建议食用。
干香菇发霉主要是沾染上水汽，所以想避免发霉，保持干燥很关键。
干香菇装入塑料袋或密封罐子里中。为了防止潮气侵入，可在其中放入一小包无机氯化钠，以免菇体内的糖分渗出而变色，同时防止麦蛾等产卵和孵化。为了防止香菇蛾等虫害，也可在贮藏前用二硫化碳将贮藏室熏蒸24小时，等排除余气后再行贮藏。封口时要排出衬袋内的空气，有条件的可用抽氧充氮袋装贮。
另外，干香菇放了一段时间后，可能在取干香菇吃的时候会有一些水份进来，建议每隔一段时间就放在太阳下面晒一下，这样可以把水份去除，同时也可以把一些细菌杀掉，也是对保存干香菇是有好处的。
