由于碘酒的刺激性较大，应避免局部大剂量、大面积地使用，否则会造成难以忍受的剧烈疼痛。眼、鼻、口腔等部位粘膜娇嫩，构造特殊，不可直接使用。只有复方碘溶液(含5%碘和10%碘化钾的水溶液)刺激性小，可用作粘膜的消毒。
化脓性伤口
因脓性分泌物和伤口内部的脂肪会与碘起反应，生成化学合成物而使其失效，所以不可直接使用。而且，碘酒不得与红药水同时混擦，以免碘与汞反应生成剧毒的碘化汞，不仅失去了杀菌作用，而且会腐蚀皮肤引起溃烂，甚至在吸收过多后会引起汞中毒。
尤其应注意的是，对碘高度过敏的人可引起严重的发热与全身性皮疹反应，应禁止使用!
除消毒外，高热病人，用50%浓度的酒精擦拭血管丰富的腋下、颈部、胸窝、腹股间以及四肢等部位，有利于散热，起到物理降温作用;用酒精擦拭长期卧床病人易受压部位的皮肤，可促进局部血液循环，防止皮肤因长期受压形成褥疮。但酒精有破坏细胞和较强的刺激性，故不能用于伤口内、破溃部位以及眼、鼻、口、阴道等部位粘膜的消毒。另外，酒精贮藏的容器应严密，用后瓶口应塞紧，防止挥发造成含量下降影响杀菌效力。
