飞天茅台和五星茅台的主要区别是商标不同。飞天茅台和五星茅台酒质是一样的，只是因为早期的销售对象不同，因此分成两个商标，飞天商标是国外销售，而五星商标是国内销售。
在早些时期，我国出口的茅台，主要以五星标的前身，车轮标的茅台为主。但是在当时的大环境下，不少国外的人将它贴上了政治标签，这无疑不利于茅台的外销。随后，茅台酒就借用了在西方很有名气的，敦煌的“飞天”形象，并且沿用到了今天。
1、前者不做境外销售只对国内销售；后者可以出口销售到其他国家。
2、商标不同，前者使用的是麦穗围绕着五星的商标，也是茅台酒最初的商标；后者为了出口使用了敦煌壁画中的飞天仙女作为商标。
3、在包装上前者的包装较后者较为普通；后者因为对外出口为了彰显国酒的品质，茅台酒厂也较重视飞天，不论是酒瓶、包装、防伪方面都比五星好，显得高档一些。
4、早期由于飞天茅台出口国内现存量很少国内很少买到，物以稀为贵，所以飞天茅台比五星茅台的收藏价值高些，现在的话区别不大了。
