1. SEM需要付费，而SEO则是免费
SEM是我们需要付钱给搜寻引擎公司，像是百度、Google或Yahoo，让用户搜寻特定某些关键字时能出现你要的内容(也就是你付钱买的广告内容)，最知名的就是「百度联盟、Google Adwords关键字广告」。SEO则相反，SEO是针对搜寻引擎的演算法进行SEO网站优化，争取首页排名(因为一般消费者搜寻行为仅在前几页)。而SEO是免费的。
2. SEM拼的是曝光，SEO拼的是转换【全网排名】
在搜寻引擎行销中，是以价高者为优先刊登，而SEO则是由百度、Google算法判定，要花的时间较久(慢慢发酵)。就因为时间的关系，SEM就略胜一筹，只要出价较高就能曝光。但也不代表SEO不用做，SEO可是网络营销的基本!SEO在长时间的发酵，网站排名到前几页时，求的就是用户点击后在你的页面发生的转换。但初期的SEM比较像是砸钱下海，有大量曝光，但用户不一定会转换，甚至点击。
3. SEM强调精准营销而SEO强调细水长流式互动与潜在客户建立关系
由于SEM每个点击都需要付费，你当然希望每个点击的搜寻用户是你的潜在客户并达成销售，慢慢地，你会摸索出你的广告应该投递向哪些受众，也就是你的潜在用户，而广告平台亦向精准方向专业化。
百度联盟或者Adwords广告可以指定某些跟你已经发生关系或某类行为的搜寻用户，例如曾经访问你的网站或你曾经观看某类视频网站影片，又或者曾经在应用商店里下载某类App。行销人员就能针对这些行为，找到潜在用户，投放类似广告。这就是精准行销的好例子。
而SEO就像捞鱼，在长时间慢慢累积的鱼池，把鱼(用户)捞起(转换)，让用户习惯看您的网站，或精准地找到他急需解决的问题解法，让你帮他解决。
