农村土地承包经营权登记发证是一项重大决策，对于保护广大农户的土地权利、促进农村长治久安具有深远意义，对于这一耗资巨大且影响广泛的工程，在推行时须慎之又慎，如果把握不当，容易给后续相关工作带来羁绊。
目前，第二轮土地承包期还有十年时间，而按现行计划，完成登记发证需要五年，这意味着农民拿到权证后，再过五年就要开展第三轮承包，登记发证要重起炉灶，如此易造成浪费。而眼下农村耕地占用不均问题非常严重，不重新分地会影响农村的发展稳定，因此开展第三轮承包，重新分地势在必行。
从技术层面看，由于测量精度原因，承包合同记载的面积与登记发证的面积难以一致。根据物权法规定，承包经营权是合同生效，而不是登记生效。如果一定要以登记发证面积为准，就需要重新签订承包合同，根据新合同登记发证，这种做法在实践中由于工作量巨大，并不十分现实。况且一直以来，各项农业补贴和征地补偿的计算，都是以承包合同记载的面积为准。如果改用登记发证面积，就很可能引发新的社会矛盾，给各级政府的工作带来混乱。
其次，在第三轮土地承包开始前，需认真做好登记发证的各项准备工作。研究表明，现行三十年承包期容易导致农户的短期行为，不利于耕地资源的永续利用。按照土地估价理论，七十年的土地价格几乎等于土地所有权的价格，这样既维护了土地公有制，又充分落实了承包经营权人的权利，是土地公有制的最好实现形式，切实保证土地资源的永续利用和可持续发展，也符合中央关于维持土地承包关系永久不变的精神。
在考虑是否延长承包期限的同时，还要认真研究承包经营权是合同生效还是登记生效。我们认为，承包经营权宜采用登记生效。自清末民初以来，中国一直沿用了大陆法系的立法思想和基本原则，而大陆法系有关不动产权利所取得的规定就是采用登记生效。但在现行物权法体系下，其他不动产权利都采用登记生效，只有承包经营权采用合同生效。如果按照合同生效理论就会产生一个悖论，因为不动产权利登记完全是权利人的自愿行为，那么也就没有必要由政府出面，组织开展统一的登记发证工作。
第三， 要下决心减少登记发证的时间和投入成本。
我们认为，第三轮土地承包宜采取签订合同和登记发证同步进行的方式，同时确定适当的测量精度。新一轮土地承包若采取签订合同和登记发证分别进行的方式，将不可避免地出现承包合同记载的面积与登记发证测出的面积不一致的问题，而且重新签订合同要五年，登记发证再五年，会大幅提高登记发证的时间成本。
在测量精度方面，只要在国家土地调查的基础上，通过开展承包经营权的权属权籍调查，就完全可以满足登记发证的需要，从而大大节省经费。如果重张旗鼓，采用大比例尺，逐地块实地测量，全国恐怕要耗费上千亿资金，成本投入过大。
