据报导，9月19日，在莫干山举行的论坛“中国智库的现状与未来”上，中央党校原副校长李君如透露，智库被首次写入十八届三中全会《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》文件中，“加强中国特色新型智库建设，建立健全决策咨询制度”写在第八条“加强社会主义民主政治制度建设”下，属于“推进协商民主广泛多层制度化发展”项下。中央正在推协商民主，对经济社会发展重大问题和群众关心的问题上，需经过广泛协商后才能决策。李君如称，“未来决策实施中，智库可以发挥作用，有些智库重大的报告将直接成为决策依据。这是中国智库发展的黄金时期。”李君如同时也指出目前中国智库问题不少。比如，在结构上，官重民轻，即官方智库大而强，民间智库比较弱势。智库间协作少，研究人才稀缺等。因此，民间智库在发展中所遇到的困难是有需要正视的。
1.官本位意识形态
受传统思维束缚，一般社会大众，包括民间企业，都习惯性地认为官方组织较民间组织更具权威性。一些非民间智库更会利用自己官方或半官方背景，对其它民间智库进行排挤，从而垄断了有限的调研市场。有民间智库负责人表示，尽管他们的工作效率及收费较其他一些非民间智库具有极大的优势，但政府部门和各企业单位一旦有相关的业务需要，大多不会主动与之联系，首选仍然是官方而非民间智库。例如，长期为中国决策层提供政策和咨询的十大中国著名“智库”全部都是官方或半官方机构，而真正民间的智库却没有。
2.国家机关领导、媒体忽视民间智库
这也成为内地民间智库发展的一大障碍。在内地，政府决策需要智库的协助，但又因自身和政治利益考虑，对民间智库不信任。对智库的研究活动进行审查，使社会损失了一个凝聚共识和理性表达意见的有效管道。此外，由于政策环境和法律制度的不完善，内地民间智库也面临着注册困难，调研受到阻碍等问题困扰。
3.政府信任度低
目前，内地民间智库发展的一个重要困难就是和政府的关系。政府对民间智库的信任度较低，对民间智库相关政治上的问题也有一定的忧虑，这都制约了民间智库的发展。要增加政府信任度，民间智库要规范自身的经营运作；同时，政府也需要经常性地与民间智库建立交流沟通机制，逐步认识民间智库存在的必要性与重要性。
4.专职专业研究人才少
具有专业素养的政策研究和分析人士都渴望到政府工作，多不愿意到民间智库中工作。相对于独立经营、自负盈亏的民间智库，一些大专院校和政府部门能提供安稳的工作环境，无疑更具吸引力。因此，民间智库很难建设高质素的研究队伍。正因为专业人才的匮乏，目前能够做出高水平兼具可行性的政策方案的内地民间智库并不多。
5.缺少资金来源
成熟的民间智库，在发展上都需要一个稳固的、长期的资金来源，这是维持民间智库发展的一个重要的财政支柱，其中包括长期的、固定的资金，私人和企业的、政府和基金会的捐款等。此外，获取长期的商业及政府合同，是维持民间智库发展必要的基础。现时内地各民间智库都得不到足够的资金，也得不到商业及政府委托的研究项目，这使得内地民间智库的资金来源渐趋枯竭，民间智库的发展相当缓慢。这也就迫使一些民间智库不得已而转向国外的基金会申请资金。
经营内地民间智库的建议
面对严峻的生存环境，内地民间智库必须对自己进行合理定位，有力地整合各类资源，谋求发展。
1.业务多元化发展、拓宽资金来源
民间智库既然与官方智库在相同业务领域的竞争中处于劣势，那就应扬长避短，努力开拓官方智库尚未涉及和不愿涉及的领域或项目。民间智库可考虑扩阔业务范围，例如从事电视节目收视率的调查、收视习惯分析研究、给企业和电视台完备的广告投放及营销企划服务等。借鉴此类经验，可发挥自己经营运作灵活的特点，有效组织各方面的专家学者为企亊单位和个人就某一课题提供完整的多视角跨专业的综合服务。
2.尽力构建完善的兼职人才队伍
现时中国规模较大的民间智库，其创始人都来自于体制内，是在改革开放后才逐渐下海。同时，现在内地民间智库的骨干人员大都也由体制内人员兼职。虽然由此亦见民间智库缺乏完善的全职研究人员，但其运营成本低的特点却十分显著。无可否认的是：以目前中国民间智库的财力供养一支完备的全职项目研究队伍是十分困难，但建立一套完善的兼职人员组织机制却显得必要。民间智库应积极联络体制内有意于兼职的各专门人才，建构分门别类、涉足多领域的人才队伍。在接下研究课题后，能在较短时间内，按需要高效组织相关兼职人员组成灵活多样的研究组。
3.职业经理人制度的引进与建立
美国民间智库的运作机制有很多的优点和成功经验值得借鉴。其中，职业经理人制度值得仿效。在国外民间智库的资助者或赞助人往往很少直接参与组织的具体运作中，他们大都会挑选出一位合适的职业经理人或者一个经营团队来负责具体的运营。职业经理人在某种程度上可以视为民间智库的大脑，一旦建立起对职业经理人的良好任用和监督和激励机制，对整个组织的发展将大有益处。由于民间智库需要获取资助以开展研究项目，所以民间智库的经营运作必须对金主（主要资助人）和客户负责，在重要人事任免及选拔亊宜上，宜应听取其意见和邀请参与决策。
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