笔者从我国民间组织的归口管理单位民政部了解到，民间组织在民政部门注册的组织形式有三类：社会团体、民办非企业单位和基金会(包括公募基金会和非公募基金会)。除了人员、活动场所、活动性质等一般要求外，三类注册方式均要求民间组织在登记时具备“业务主管单位”，即政府有关部门或政府授权的组织。也就是说，我国对民间组织实行民政部门和业务主管单位双重管理的体制。此外，关于社会团体注册，如果同一地区同一领域已有类似社会团体的，民政部门原则上将不再注册新的团体；关于基金会注册，对原始基金的最低要求是200万元；民办非企业单位注册则只对单独的实体开放，不允许发展会员。
显然，从事环保、教育、慈善等公益事业的民间组织从性质上来说和“社会团体”最为契合，也应该享受有关优惠政策，但实际上能够注册为社会团体的民间公益组织可谓凤毛麟角。除了名额的限制，“必须有业务主管单位”的要求也是一道高门槛。
民间公益组织是民间人士自发、自下而上成立的，无论是资金还是所谓的“政府人脉资源”都是少而又少的，在名额、资金限制都无法突破的情况下就只剩下“民办非企业单位”这个注册方式了。实际上，这一类也是合法注册的民间公益组织中数量最大的一类。从事公民教育的“天下溪”和从事环保、以“中国水污染地图”著名的“公众与环境研究中心”都是以民办非企业单位注册的。但是，民办非企业单位从事捐赠有着严格的规定，不允许发展会员，实际上并不适合民间公益组织。笔者在一家注册为民办非企业单位的民间公益组织网站上看到，该组织在开展为藏区学校募捐时，提醒捐赠者说：“由于本组织已经注册为民办非企业单位，从事捐赠必须纳税，因此请大家捐款捐物时一定写上‘藏区支教’，而不要写‘捐赠’等字样。”
民政注册如此之难，令许多民间公益组织望而却步，被迫转向工商注册。注册为工商企业的手续当然相对容易得多，但注册后却要面临必须缴纳营业税等一系列麻烦，组织负责人又得四处奔波为公益活动免税。因此，更多的、徒有热情而两手空空的人们都无奈选择了不注册，进入“非法”的灰色生存状态。
需要指出的是，“不注册”并不意味着就一定会被取缔，因为当前政府对民间公益组织的态度已相当宽容。一位民间环保组织人士指出，之所以造成注册困境，与其说是政府部门严厉控制所导致，不如说是相关制度滞后于公民热情参与社会管理的形势发展的结果。但是，不注册也会导致民间公益组织自身无法做大，容易陷入法律纠纷，是一条不太容易看到希望的道路。许多民间公益组织发展多年，正式人员仍不到10人，原因正在于此。
