对植物分类学原理的理解，从目的、原理和方法这三方面看，各自有如下基本的观点：
分类学的目的可以分为一般目的（只是想把有差异的类群分开）和特殊目的（如想反映类群之间的亲缘关系）。所有的分类系统都是位于着这两个目的之间，如《中国植物志》主要是对分布于我国的植物（植物区系）进行分门别类，其应用的范围是十分广泛的，在编写植物志的时候，是不会重点关注以后会应用于哪个学科或行业。但是，中国植物志作为一种自然的分类系统，也在相当大的程度上反映了植物之间的亲缘关系。而特殊目的的分类，具有很强的目标性，如APG系统，主要是想反映被子植物的系统发育（近似于演化）关系。再如树木分类学，主要是对木本植物进行分类，在林业方面，更看重植物的木材学特征。
由此可见，分类学的目的是随着人类对自然界的认识目的和社会发展的需求而变化的。
2. 分类学的基本原理是稳定的
分类学的基本原理是本漫谈系列的主要内容，这里先可以简要地概况为：分类学的基本原理就是依据所观察到的性状（特征）集合中的间断点来划分分类群，如果有证据显示间断的性状之间有演化关系，就可以对分类群之间的演化关系进行推测，并依据这些推测来建立分类系统。
3. 分类学的方法是随实验观察技术和学术思想的发展而变化的
技术的发展会不断扩展分类学资料的来源，这也是生物学的一个重要特性。如有了显微镜，我们才能够观察到细胞、组织等特征。有分子生物学的技术，才能获取植物的基因组、转录组、蛋白组等组学特征，并将这些特征纳入分类学的资料。
学术思想体现了分类学家是如何理解和处理所获得的分类学资料。如表型分类的思想，是平等地看得分类学特征的价值，如并不认为子房上位与下位的特征比单叶与复叶更重要。早期的自然分类系统，更多地看重繁殖器官（花、果实、种子）的特征，近期的分类系统，由于基因组学技术的高速发展，比较看重和利用基因组的特征。
分类学资料的选取和学术思想无疑会对分类的结果产生决定性的影响，而在大数据时代，人工智能（机器学习等）在分类学中的应用，更是对如何理解人工智能所产生的结果的分类学（生物学）意义提出了挑战。
分类学的目的、原理和方法这三方面也具有复杂的关系，需要深刻地理解植物分类学的这些基本的观点，才能够更好地利用分类学的成果，为自己所研究的问题服务。
