饮食的混杂效应
饮食也是影响和塑造肠道微生物的主要因素。Kang等人报告说，饮食和运动都会导致肠道微生物的变化，但这些变化是正交的。然而，一些研究报告报道，饮食因素独立于运动或与运动结合影响肠道微生物。研究发现与肠道微生物差异或变化相关的饮食因素包括乳制品、浅色蔬菜、海藻、大米、谷物、蔗糖、纤维、蛋白质摄入量、脂肪摄入量和食物总摄入量。因此，似乎与运动相关的肠道微生物的一些差异或变化可能是由于饮食摄入的差异或变化，特别是植物和碳水化合物，而不是运动本身。因此，有必要研究肠道微生物与控制和规范参与者饮食摄入的运动之间的联系。
在研究运动对肠道微生物影响的研究中，混杂的饮食因素包括乳制品、浅色蔬菜、海藻、大米、谷物、蔗糖、纤维、蛋白质摄入量、脂肪摄入量和食物总摄入量。
虽然研究表明运动员的肠道微生物与饮食有一定的相互作用，但目前尚不清楚运动员常用的补充剂或饮食模式对肠道微生物的影响程度，以及这对宿主的潜在影响。Kårlund等人的综述全面讨论了运动员补充蛋白质的主题以及对肠道微生物的潜在未知影响。过多的蛋白质可能由梭菌属、拟杆菌属和变形杆菌门中的其他物种在大肠中发酵，产生最终产物，如氨、胺、酚和硫化物以及一些可能对宿主产生系统和代谢影响的短链脂肪酸。不同的蛋白质类型对肠道微生物有不同的影响，植物性和动物性饮食也会导致人类肠道微生物组成的差异。此外，在对运动的合成代谢反应的背景下，对不同的蛋白质类型进行了评估。然而，没有研究评估不同类型的蛋白质补充剂或全食物蛋白质来源对运动员肠道微生物和氨基酸发酵的影响。由于蛋白质和蛋白质补充剂被广泛宣传并推荐给运动员，这是研究中需要解决的一个重要差距。未来的研究还应确保比较不同蛋白质来源的效果，如单独的补充剂以及它们在整个食物形式中的效果，因为整个食物的基质已被证明在对运动的合成代谢反应中起着重要作用，并可能根据脂肪的类型和数量等因素改变效果。此外，在植物蛋白质中添加亮氨酸、赖氨酸和蛋氨酸等氨基酸是否会改变这些蛋白质对肠道微生物的影响，这一策略已被几项研究证明可增强植物蛋白质的合成代谢效应。
碳水化合物是运动的主要燃料来源，因此也是运动员饮食摄入的主要焦点。除了全食物形式的碳水化合物，如面包、面食、水果和土豆外，还有多种碳水化合物补充剂可在运动前、运动中或运动后使用，以提高运动成绩和恢复能力。全食物碳水化合物对肠道微生物的影响因纤维含量和类型的不同而有很大差异，尽管纤维通常会增加类杆菌和放线菌等短链脂肪酸产生菌，并减少厚壁菌。然而，经常使用碳水化合物补充剂对肠道微生物的影响尚不清楚，碳水化合物补充剂通常含糖量高，微生物可及碳水化合物含量低。因此，开发同样针对肠道微生物的碳水化合物补充剂可能是有意义的。
虽然碳水化合物和蛋白质是运动员营养的主要焦点，但脂肪也是长时间运动的重要燃料来源，高脂肪饮食（如生酮饮食）的流行促使运动员和科学家研究其对运动表现的潜力。然而，有证据表明，高脂肪饮食对运动成绩的改善程度并不比高碳水化合物饮食更高。此外，生酮饮食中缺乏微生物可获得的碳水化合物，这使得人们怀疑生酮饮食是否或如何有益于肠道微生物，尽管这方面的研究很少，也没有在运动员身上进行过研究。
咖啡因也是运动员中广泛使用的一种能产生能量的辅助物质。咖啡是咖啡因的主要饮食来源之一，与双歧杆菌的增加和防止高脂饮食引起的乳酸杆菌减少有关，尽管这些影响可能是由于咖啡中存在的其他生物活性化合物，如绿原酸。饮食摄入的这些方面对运动员肠道微生物的影响只是故事的一半。另一个是肠道微生物对运动员在表现和训练适应方面的总体反应的影响。
