均衡的饮食是健康生活的基础。西方饮食和特殊饮食都会对微生物群产生相关影响，促进各种疾病的发展。近年来，与食物有关的疾病有所增加，主要与食物消费趋势和主要营养素的急剧变化有关。对食物不耐受的主要反应是采用新的饮食趋势，包括减少或排除特定的食物成分。尤其是含麸质的，也有无麸质的谷物在交叉火力。无麸质饮食的支持者认为麸质会引发炎症和相关疾病，而古饮食的追随者则强烈抨击所有谷类食品对人类健康的危害。到目前为止，还没有对照研究支持或拒绝无麸质或无谷类食品对健康的积极影响。未来的大规模研究需要评估含麸质和无麸质谷物以及各种饮食对人类健康、炎症参数、临床症状和肠道微生物群（包括细菌、真菌和病毒）的影响。饮食相关的组成和功能性微生物群特征的变化应与健康状况相关，以便未来制定饮食建议和潜在的临床干预措施。
