成年人肠道微生物群包含成千上万种不同的微生物。只有三分之一的肠道微生物群是大多数人所共有的；其余的都是特异性的，有助于增强遗传变异。肠道微生物显著影响宿主营养、代谢功能、免疫系统和氧化还原水平，并可能受多种环境条件的调节，包括体力活动和运动。微生物群也像内分泌器官一样，对与训练相关的稳态和生理变化敏感；反过来，运动也被证明能增加微生物群的多样性，从而改善代谢状况和免疫反应。另一方面，对运动的适应可能受到调节能量平衡并参与控制炎症、氧化还原和水合状态的单个肠道微生物群的影响。剧烈的耐力运动会引起生理和生化需求，需要采取适当的措施来对抗氧化应激、肠道通透性、电解质失衡、糖原消耗、频繁的上呼吸道感染、全身炎症和免疫反应。微生物群可能是一个重要的工具，以改善整体健康，性能和能源供应，同时控制炎症和氧化还原水平的耐力运动员。将讨论肠道微生物群、一般健康、训练适应和表现之间的关系，以及已知对微生物群有一定影响的运动补充剂。
成年人肠道微生物群在宿主的整体健康和疾病中起着关键作用。正常人体肠道微生物群由两个主要门组成，即拟杆菌门和厚壁菌门，以及放线杆菌和疣状杆菌等不太常见的门。这些微生物栖息在人类肠道内，形成一个相互作用和与宿主相互作用的复杂群落。几种环境因素形成肠道微生物群；即使饮食起主导作用，体育锻炼也正在成为一个重要的调节因素。饮食组成影响肠道微生物群的组成：低纤维、富含精制碳水化合物和脂肪的饮食会导致微生物群落多样性的减少，同时微生物的结构和活性也会发生改变。除了饮食，运动也是能影响动物和人类肠道微生物群组成的主要环境因素之一。
微生物群作为一种内分泌器官，运动引起的状态变化与宿主生理、代谢、免疫和行为的改变有关。运动对肠道微生物的影响取决于运动的强度和时间以及受试者的记忆特征。微生物群也可以影响肌肉质量。肌细胞减少症大鼠模型显示肠道微生物群中几种具有抗炎和促合成代谢作用的类群减少。为了补偿他们增加的能量消耗和最大限度地适应身体负荷，运动员必须采取适当的饮食习惯，其中越来越多地包括广泛的运动营养补充剂。这些补充剂还可以对微生物群的组成、代谢和功能产生特定的影响，因此代表了另一个被低估的变量。
代谢组学、宏基因组学、转录组学、蛋白质组学和糖组学在阐明肠道微生物组组成方面做出了重大贡献，目前几乎完全了解肠道微生物组组成及其与人类健康的关系。MetaHIT和微生物组项目（HMP）联合体致力于确定微生物组的基本结构和功能，产生了一个完整的物种和相关基因列表。然而，在亚种和菌株水平上的多样性仍在出现，一些微生物基因在功能上仍然没有特征。
人类微生物群中的主要门是厚壁菌门和拟杆菌门，但也存在大量表现出高代谢活性的次要门（即放线杆菌、疣状杆菌和变形杆菌）。类杆菌、双歧杆菌、链球菌、肠杆菌科、肠球菌、梭状芽孢杆菌、乳酸杆菌和瘤胃球菌是主要的肠道微生物，梭状芽孢杆菌、乳酸杆菌、肠球菌和阿克曼菌是主要的粘膜和粘液相关属。
肠道微生物群反映了定殖生物的健康状况，因为它与免疫系统协同工作，参与营养和药物代谢、肠道屏障功能以及防止病原体定殖。它参与信号网络，参与屏障功能和维持自身稳态。
肠道厚壁菌：拟杆菌比率（Firmicutes:Bacteroidetes ratio ）与健康的肠道微生物群的关系经历了从出生到成年的增长，并随着年龄的增长而进一步改变。Ley等人报告说，与肥胖者相比，瘦人体内类杆菌的相对比例更高，并且发现这种菌门的增加与体重减轻有关，这表明肥胖有一种微生物成分。其他作者未能发现肥胖受试者中类杆菌比例的显著变化与减肥饮食有关，但证明了一组产丁酸的厚壁菌群的减少。Sze等人仅检测到微生物群落与肥胖之间的弱关联，证明检测结果与微生物群落组成的巨大人际差异相混淆。脆弱拟杆菌与儿童肥胖症呈正相关，拟杆菌门减少与高BMI有关。对于厚壁菌门，发现与体重增加正相关，一些厚壁菌物种与脂肪组织储存相关，即使需要对这一主题进行进一步精心设计的研究。研究还表明，低数量的变形杆菌以及高丰度的拟杆菌、普氏菌和瘤胃球菌有利于健康。
