作者Lisa Clancy，生物学博士，ISE公司全职编辑。
你真的会引用参考文献吗？Google一下，网上有大量的资源能帮助到你。但是大部分都侧重于技术细节，例如使用的最佳参考文献方式或教你如何使用文献管理软件。
然而，如何将参考文献穿插到文章正文中，是否该引用或剔除某篇论文？引用一篇综述还是引用一系列原创性论文？遇到和你的论点相矛盾的论文该如何处理？这些方面大家往往都缺乏指导。ISE这篇博文在一定程度上能帮助到你。
2017年，我和同事在Scientific Reports上发表了一篇名为Dose-dependent behavioural fever responses in desert locusts challenged with the entomopathogenic fungus Metarhizium acridum的论文
(点击阅读原文可获取全文https://www.nature.com/articles/s41598-018-32524-w )。我们花了一年多的时间来撰写这篇文章，投稿后，文章被该领域的一位大牛和另一位匿名审稿人进行了同行评审。
今天，我将向读者们介绍论文中每处文献的引用，为什么选择这些参考文献。本次博文还将讨论我们投稿后收到的一些与参考文献相关的审稿意见，以及我们是如何处理它们的。
文章名：Dose-dependent behavioural fever responses in desert locusts challenged with the entomopathogenic fungus Metarhizium acridum
引言部分
Fever body temperatures are an adaptive response to infection in many species, and they can be achieved by physiological and/or behavioural means such as basking (Hart, 1988; Kluger et al., 1996).
这是一个非常宽泛的陈述，因此我们选择引用一篇经典的的综述(Hart,1988)，它已经被引用了1798次(根据Google Scholar，截止到2019年1月7日)，以及另一篇比较被认可的综述(Kluger et al ., 1996)，其中引用了许多不同物种的关键研究。通过引用这些参考文献，我们不仅引导读者阅读了两篇重要的文献，也为本文的主题展开打下坚实基础，而且我们也向该领域的两位巨头表示了致意，最后向审稿人展示了我们在该领域扎实的基础知识。
Ectotherms rely exclusively on behavioural strategies to achieve fever, and these have been described across a diverse range of taxa including reptiles, amphibians, and insects (Kluger et al., 1996).
当我们开始缩小话题范围时，我们再次引用Kluger et al.(1996)。这是因为，Hart(1998)讨论了许多不同的行为变化对感染的反应，相反地，Kluger et al.(1996)只关注了发热，并列出了不同动物发出指令的关键性研究，如前所述。
Behavioural fever can decrease mortality and morbidity in infected animals (Louis et al., 1986; Carruthers et al., 1992; Blanford and Thomas, 2001; Elliot et al., 2002).
在一系列分类群里有许多研究已经证明了这一说法。然而，把这些研究的内容都列出来是不实际的。因此，在这种情况下，我们选择与我们的研究最密切相关的那些研究来证明（即这些研究都使用了直翅目(Order Orthoptera)的动物。）
This occurs because high body temperatures are suboptimal for pathogen growth (Inglis et al., 1996; Elliot et al., 2002) [1], and increase the mortality of some pathogens (Carruthers et al., 1992) [2]; high body temperatures also enhance several aspects of host immune function (Ouedraogo et al., 2003; Boltaña et al., 2013). [3]
[1] 这两篇文献都支持这一说法，表明在高温条件下，蚱蜢/蝗虫的霉菌数量减少。有效引用参考文献的一个关键因素是：简明扼要地总结多篇文章的主要发现成果。在这种情况下，简单的声明 “This occurs because high body temperatures are suboptimal for pathogen growth”比列出具体结果好，
例如,“A low prevalence of Beauveria bassiana mycosis was observed in inoculated Melanoplus sanguinipes nymphs exposed to a continuous temperature of 35 and 40°C，whereas continuous exposure to 30°C did not have a significant effect on disease development”。
[2] 我们在回顾审稿人意见中加入了这项研究(见BOX 1)。在众多的研究结果中，这篇文章显示，发热的温度完全消除了透明翅蚱蜢(Camnula pellucida)身上的 Entomophaga grylli。要说明这一点非常重要，因为人们普遍认为，直翅目(Order Orthoptera)不能通过 Metarhizium感染，因此这就是为什么我们说“某些病原体”。这是平衡的参考引用，即你需要提供会引起争议的所有方面。
[3] 在关于这一主题的大多数文章中，Ouedraogo et al. (2003) 的文章被引用来支持这一观点，因为这是第一次在宿主-病原体对发热期间检测先天免疫反应，如血细胞动力学和吞噬作用。
但是，请始终记住，继续搜索某个领域的文献来寻找新发现。会有新的研究结果支持你的论点，但也可能与你的论点相矛盾。Boltana et al.(2013)强烈支持Ouedraogo et al.(2003)的观点。同样，请注意我们会用简单的方式总结这两篇文章。
BOX 1.编辑部要求处理与参考文献相关的评论和我们的回复。
在我们的原稿(同行评审之前)中，“…and increase the mortality of some pathogens (Carruthers et al.， 1992)……”这一条没有包括在内。
然后我们收到了一位审稿人的意见:
“L47-8 – fever may also be lethal to pathogens. If I am not mistaken, this is suggested in studies of Beauveria and E. grylli in locusts, perhaps Serratia too – earlier studies by Keith Charnley and Simon Blanford show clearing of infections I believe.”
正如你所看到的，审稿人似乎是凭记忆提出一个观点，他并不确定论证这一观点的确切文献。经过彻底的文献筛查后，我们相信已经找到了审稿人提到的这项研究，我们的回应如下:
“The idea that high temperatures kill pathogens is certainly true. The best evidence we’ve found that naturally selected temperatures can do this is for the effect of normal thermoregulatory behaviour in grasshoppers on E. grylli. Therefore, we’ve re-phrased our text to include this concept and the supporting reference (L47-51). We are not aware of any evidence for fever clearing infections in the Metarhizium/locust system [hence, we write “…of some pathogens”]
Despite their benefit for fighting infection, fever body temperatures are also costly (Casadevall, 2016).
这也是一个非常宽泛的陈述，并且考虑到它与医学领域相关，我们可以参考引用很多文章。我们之所以选择了Casadevall(2016)，因为这是一篇“关于跨越病原体领域主题的简明、实用和具有教育意义上的见解”，极富价值。它总结并结合了迄今为止富有争议的背景。文章的作者是行业内一位杰出的教授，在该领域发表了许多论文并被多次引用。我不是建议你引用一篇基于作者名望的文章；作者自己应该批判性地评估每一篇被引用文章的价值。
Elevated body temperatures have been associated with increased metabolic rate (Muchlinski, 1985; Sherman and Stephens, 1998) [1], reduced growth rates (Boorstein and Ewald, 1987) [2], as well as defects in egg development (Anderson et al., 2013) [3].
[1]在以一个宽泛的陈述开始这一段后，我们紧接着列出支持该陈述的原创性研究论文。你会注意到这些文章相对较旧。然而，它们都从“发热的代价”的角度明确地证实了这一说法，就像我们的文章一样。你可以会说不应引用发表时间超过5 - 6年的文章。
然而，灵活地处理这些规则会更好。例如，在引入某一个主题时，完全可以引用较早的突破性作品，并且这些规则在各个学科领域中不具备普遍性，例如，快速发展的领域(例如医学科学)比缓慢发展的领域(例如数学)具有更高的周转率。
[2]同样，这篇文章比较老。 然而，它再次从“发热的代价”的角度证明了这一说法，并被引用了133次（根据Google Scholar，截止到2019年1月30日）。 这也是一个不错的研究，因为它的叙述是清晰的，这也影响了这篇文章的写作风格，即如何将发现作为一个故事呈现。
[3]这是一篇相对较新的论文。请注意，我们是如何将所有五篇文章交织成一个简洁连贯的陈述的。
我们在每个特定陈述后直接添加了适当的引用。不建议像下面的这种写作和引用风格：
Elevated body temperatures have been associated with increased metabolic rate, reduced growth rates, as well as defects in egg development (Muchlinski, 1985; Sherman and Stephens, 1998; Boorstein and Ewald, 1987; Anderson et al., 2013).
Furthermore, basking to achieve fever body temperatures confers additional costs in terms of missed feeding and mating opportunities, and increased predation risk (Otti et al., 2012).
为了进一步支持我们的论点，我们引用了一项相对比较新的研究，该研究从另一个不同角度支持我们的论点。
These costs accrue quickly as body temperature rises, such that the temperature-fitness curves of healthy animals are often asymmetrical, with fitness declining more steeply with increasing temperature than with decreasing temperature (Martin and Heuy, 2008).
这篇文献会给审稿人一个印象：即作者的专业涉猎不仅仅只局限于本行业内，而且也关注特定主题以外的内容。我们已经提供了足够的论据来证明论点。有了这篇高被引参考文献，可以更加有利地支持我们的论点。
Sick individuals likely face a similar requirement to balance costs and benefits and avoid excessively high fever body temperatures, especially since behavioural fever responses are often unable to fully clear infection (Elliot et al., 2002; Ouedraogo et al., 2004) (but see Carruthers et al., 1992).
如上所述，我们争论的一个方面是动物是否可以通过发热完全清除感染（见Box 1）。 我们和Elliot et al.(2002)以及Ouedraogo et al.(2004) ，都没有找到证据表明蝗虫可以摆脱Metharizium的感染；随后，我们引用了Carruthers et al. (1992)的文章，该文章表明，发热完全消灭了来自明目草蝗虫(Camnula pellucida)身上的Entomophaga grylli。 请注意我们处理这篇和我们论点相矛盾文章的简单方法，即参见(Carruthers et al., 1992)。 通常，这就是提出平衡论证所必需的（或解决审稿人意见）。
In these cases, fever body temperatures might be expected to be modulated according to the severity or type of infection (Gardner and Thomas, 2002).
我们在写作阶段发现这篇文献。换句话说，之前我们已经阐释并证明了我们的假设。然而，据我们所知，这篇文章是第一个直接提出我们在这篇文章中所需论证需要测试检验的假设，因此我们适当地引用了它。这也提醒读者，在投稿前，对每个陈述都需要进行文献检索的重要性，确保该致谢的文献都被引用。
In support of the adaptive deployment of fever responses, the occurrence and magnitude of behavioural fever are known to vary within and between insect species (Stahlschmidt and Adamo, 2013).
我们用另外一个比较宽泛的声明来开始这一段，引用了一篇闫行为发热的荟萃分析文献。 使用荟萃分析文章可以一次总结多篇文章，从而作为宏观的结论。
Crickets, Acheta domesticus, elicited behavioural fever responses when infected with thermo-susceptible parasites (e.g. Rickettsiella grylli), but not thermotolerant ones (e.g. Serratia marcescens, and the parasitoid fly Ormia ochracea) (Adamo, 1998).
除了论证我们的观点，通过引用另外一篇文献，我们可以帮助读者了解我们所说的不同的发热反应是什么意思。
House flies, Musca domestica, infected with a higher dose of the fungus Beauveria bassiana exhibited higher-intensity fever responses than flies infected with a lower dose, putatively limiting fever costs (Anderson et al., 2013).
这是一篇来自该领域高手的优秀文章，也是本研究的灵感来源。我们在整篇论文中都会引用这篇文章的内容，是因为它与我们的文章联系最紧密。我们在这里引用它，缩小了本文的具体研究目标。
The physiological fevers of humans may also vary in magnitude according to the severity of infection (Kluger et al., 1996).
当我们从人类健康的角度探讨发热领域时，我们可以引用许多文献来支持这一说法，但是，我们认为最好再次引用Kluger et al.(1996)，因为读者在其中可以了解到关于该主题的最重要的基础文章细节。
Thus, the adaptive deployment of fever may be a widespread phenomenon.
请注意，我们没有引用与此陈述相关的任何文章。 虽然有很多关于发热的成本和益处的文章，但很少有文章研究过发热的适应性部署。 在本研究中我们假设这种现象可能比原先认为的更普遍。
In this study, we investigate whether desert locust, Schistocerca gregaria, behavioural fever responses differ in intensity according to the severity of Metarhizium acridum infection.
Metarhizium acridum is a specialist pathogen of locusts and grasshoppers and the basis of commercial biopesticides used for their control (Lomer et al., 2001).
这篇综述（根据Google Scholar，截止到2019年1月15日，它被引用了468次）为读者评估本研究成果的应用提供了资料来源。
Whilst numerous laboratory and field trials have demonstrated the efficacy of these biopesticides, the speed of kill following application is highly variable (see van der Valk, 2007, and references therein).
这是一份来自联合国的技术报告，描述了在非洲进行的各种M. acridum-applied田间试验。这是一个很好的资源，把迄今为止所讨论的所有实验室研究结果都放在蝗虫生物防治的背景下。
The prevailing theory is that environmental temperature leads to this variability, by allowing or preventing effective behavioural fever responses (Elliot et al., 2002).
这是我们第四次引用这篇文章。虽然(Elliot et al., 2002)的研究并不是第一个提出这一理论的，但它是第一个明确表现出发热的适应性价值研究，因此它被认为是关于这个课题的一篇突破性文章。
Thus, additional knowledge of locust behavioural fever responses to Metarhizium infection may also help inform the application of biopesticides for locust control.
第一部分的要点（引言）
· 每项陈述至少有一篇论文支持（除目标和最初假设外）。
·需要开始对每个段落都进行广泛的阅读，然后引用特定的原创性研究论文，缩小观点范围。
·在句子中的每个特定陈述后可以直接放置适当的引用，而不是仅仅组合在一起。
·在论文提交之前对每个陈述都进行了文献检索，以方便查找最近的文章是否支持/反驳发现成果。
·对于介绍性陈述，简要地将多篇文章的主要发现总结概括为一个连贯的整体。
How to reference (Part 2) 国际科学编辑-ISE很快会为大家推出，敬请期待。
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