2015年12月国务院办公厅颁布《关于优化学术环境的指导意见》指出，要着力构建符合学术发展规律的科研管理、宏观政策、学术民主、学术诚信和人才成长环境。进一步完善管理制度，特别是建立健全科研经费管理体系，激活科研经费的分配激励功能，才能确保学术研究活力，真正释放创新潜能。
科研经费预算体系。发达国家科研经费管理，非常重视科研经费申请的预算管理。比如美国的绩效预算编制包括绩、效、预算三要素。预算要与业绩挂钩，各部门在编制预算、提出支出要求时，必须制定5年战略目标和年度目标，制定出一套能反映部门业绩的绩效指标，并定期提供长期战略规划、年度绩效规划以及年度绩效成果报告等三种报告。我国高校科研院所对科研项目的经费预算不够重视，在编制预算时存在许多问题，如预算不能真实反映项目成本、预算编制粗放、虚列经费支出项目等，成为科研经费支出不合理甚至违规使用的直接诱因。从主观上讲，是项目申报人员的态度不够端正或对经费支出的判断不够精准；从客观上讲，是国家对经费预算比例的限定不够科学合理。我国对不同学科或同一学科不同研究课题，国家限定的经费预算比例是一样的，而不同课题的不同经费支出比例可能相差巨大，这会导致本来合理的预算支出可能与现行的国家科研经费管理政策相矛盾，并产生“该花钱的地方不能报账，能报账的项目可以多开票报销”或“有钱花不出”的现象。
科研经费科目体系。美英日发达国家均允许在经费预算中列支研究人员经费支出。这些国家一方面规定较高的人员费用比例，如英国的人员费用一般占项目经费支出的52%，美国科研机构的研发活动一般实行项目制的管理模式，项目负责人在制定科研项目申请及预算之初就已将人员费用、差旅费以及学术交流活动产生的费用等囊括在科研项目经费预算中，其中人员经费占总经费的33%。另一方面通过推行岗位薪酬制，保证科研人员在该国的平均收入水平处于比较靠前的位置。同时，这些发达国家还要求项目主持人在科研经费预算中对人员费用进行详细说明，并接受期中检查和事后审计，以杜绝从项目经费中重复列支人员经费的现象。美国研究型大学秉承学术治理的原则，从鼓励学术研究、规约学术治理的角度出发，结合大学科研活动的基本规律，逐渐构建起以学术为先导、恪守法律规约、讲求科研诚信等内容为特征的科研管理理念。我国的政府科研经费过于注重硬件设备投入，而忽视人力资源投入。当前高校科研人员大多只有工资性收入，知识和智力价值没有得到充分的经济认可，工资待遇不能反映其真实价值和贡献。而尽职的高校科研人员为了更快、更好地出成果，加班加点是家常便饭，甚至将整个假期都贡献给科研工作。因此，现行科研经费管理模式下，科研人员的智力和时间投入很难得到补偿。甚至会导致承担项目越多，经济上越吃亏的现象，不仅挫伤了科研人员的积极性，也是导致经费报销造假的深层次原因。
科研经费控制体系。国外科研经费的内部监管措施一般包括主任责任制、定期报告制、同行评议制、合同审查制等，美国对科技经费采取的监督方式包括听证制度、报告制度、备案制度、审计、调查、绩效影响评估等；监管范围覆盖前端的预算分配、中期的使用管理，以及后期的审计评估等。当前我国高校科研经费是一种综合管理体制，这种体制下，由于科研主管部门主要负责项目申报与进度管理，财务部门负责经费管理，导致部分高校的科研主管部门只注重多争取项目和管理项目进程，而对经费的使用情况和使用效果较少关注。同时，财务部门由于管理制度、人手不足等各种原因，加上部分高校科研部门和课题组客观上存在“只要用在项目上不管什么费用都应该报销”的思想，导致高校对经费使用控制不严，在一些高校的科研项目经费中，有相当比例是招待费、日用品支出、办公用品、礼品支出，甚至利用虚假发票套取科研经费等现象。
科研经费监督体系。加强科研经费使用的信息披露。德国科研机构的财务部门要定期编制通行的财务报表、披露相关会计信息，以便于接受社会各界的监督与评价。我国现行的科研经费管理模式缺乏对科研经费执行的有效监控，缺乏项目执行的信息反馈，多为事后控制惩处，不能及时发现风险，既成事实往往已经造成相当大且无法追回的损失，这既包括资金的损失，也包括人才的损失，效力较差。当前，我国对高校科研经费的监督力度还不够，基本没有形成有效的多级监督机制。课题负责人和挂靠单位都是利益相关方，学校虽有审计、监察部门等专职监督机构，但往往因维护学校利益对科研经费使用起不到应有的监督作用，而代表国家的政府经费管理机构因管理事务繁多也难以实施监管。
科研经费管理程序。包括以下环节：项目招标：科研项目面向全国科研机构公开招标；提交计划：由项目负责人向主管部门提交实施步骤和各项预算的详细计划；签订合同：项目经主管部门审查批准后，签署具有法律效应的执行合同；拨付经费：科研经费一般分2—3次拨放到项目负责人单位，由负责人单位的财务统一管理；执行合同：项目负责人签字支出经费，并定期向主管部门提交项目进展和经费使用情况报告；评估审计：项目结题后，要对项目完成情况进行评估，对经费支出进行审计。评估和审计结果对项目负责人的后续项目有影响。为确保预算的执行和提高经费的使用效率，防止经费的违规使用，要有相应的监督评估制度。科研人员对经费使用应该拥有一定的自主权，科研经费管理应符合科研规律，不能以限制为目的。
科研经费改革的法律保障。首先，承认科研人员的劳动并给予符合市场价值规律的货币补偿，政府应真正做到尊重社会主义市场经济的分配原则和价值准则。构建智力资源资本化机制，重新评估科研人员和创新人才的价值，形成让科研人员特别科学家和工程技术人员先富起来的社会机制，让知识更好地转化为财富。改革科研管理体制的第一步，应允许科研人员获得合理的劳务补偿，这是贯彻“创新发展”当务之急。其次，厘清科研经费使用制度方面法律关系不清晰的问题。把全部横向课题纳入民法上的承揽合同范畴，用发包人和承包人之间的法律关系规则规范当事人之间的权利义务。课题来源、成果的完成、费用支付完全采取市场方式，政府只能建立规则予以引导，而不能把将其纳入国家项目范畴予以强制管理。再次，及时修改相关规则，改变不论是横向课题还是纵向课题项目经费均不许科研人员取得报酬规定的现状，允许科研人员取得自己的劳动报酬。最后，建立科研人员薪酬的国际比较与行业比较机制，根据实际贡献适度提高他们制度性的收入保障。
