股票发行由审批制向注册制的过渡，涉及证券市场其他方面的改革，因而是一个系统工程。
首先，股票发行如果不需要审批了，而挂牌上市尚需交易所的核准，去了一个“爷爷”，会不会又来两个“婆婆”呢？我们有理由为此而担心。在现行体制下，我国的股票交易所是一种准政府机构。股票发行制度与国际接轨，交易所显然也不能例外。交易所不过是一种有形的市场，就好像浙江义乌的小商品城一样，它的组织和管理都是相当简单的，完全可以企业化经营，可以实行开放式的竞争。国家可以制定并公布开设股票交易所的资格或条件；这些条件必须是明确而有限的；只要符合这些条件，任何人可以选择任何地点设立交易所，自由发展会员并吸引主场主体参与。与对商品市场或金融机构的管理相类似，政府部门可以制定有关法规，并对交易所一视同仁地进行监管。企业化的结果是，交易所只能实行民主化的管理，股东或会员将真正负起责任来；其服务质量必然就会提高。相应地，企业可以自由选择交易所上市，也可以同时在多个市场上市。
如果以上认识是恰当的，那么我们则可以进一步推论出，所谓“多层次资本市场体系”这个说法其实包含着一些理念上的错误成分，因而有必要再予以讨论。交易所是一种盈利或非盈利的自愿性组织，无论大小强弱，它们在法律地位上是平等的，因而不应当存在主次之分，高低之别。通过自由的市场竞争，如同其他行业一样，不同的交易所之间必定会形成形态多样的格局，它们或者是彼此相似的，或者是相互分工的；有的规模可能很大，有的却很小；其相互关系也将是不断变化的。人们有时把某个股票交易所称为“主要市场”，而把另一个称为“次要市场”，这应当理解为是出于一种便利或习惯，而不具有任何规范含义。例如，美国的纳斯达克原本是比较次要的市场，后来，随着高技术企业的崛起，它就成为了一个主要市场，与纽约交易所平分天下了。微软公司最初是在纳斯达克上市的小企业，它发展壮大了以后，并不转去纽交所上市，而是继续留在纳斯达克之内。
这些尽人皆知的故事，可以帮助我们认识到，一个市场是否可以成为主要的市场，不应当由它自己或监管机关说了算，而要靠它的管理者在自由竞争中努力去争取。同理，也没有人天生就该当配角，专门负责接收别人淘汰下来的机会。新的市场要不要设立，新旧市场之间怎样进行分工，甚至要不要进行分工，这都是生意问题，都不是政府部门应当考虑的事情。由政府部门出面来分封各个市场的名位，是注定达不到预期效果的。这不过是一种表面的、机械的、邯郸学步式的做法，是一种僵化的形式主义思维方式。
上述道理还可以通过对退市问题的再讨论而更加明确。当前，退市的呼声很高；可是，为什么要实行退市制度？似乎很少有人问这个问题。退市的原因其实很简单：由于企业的挂牌上市要占用交易所一定的资源，这就引发了成本－收益核算；如果企业规模太小，或者业绩太差，以致其股票交易额太低，不能给交易所带来一定的收益，交易所当然就会要求它退市或“转板”。所以，这只是一个生意上的考虑。市场细分可以给投资者收集、比较和选择券种带来便利。企业在不同的分市场之间转来转去，也是出于经济原因（边缘市场的上市费一般较低）。这些都与对企业的奖励或惩罚无关。
有人对绩差公司长期维持上市地位的现象心存不满，必欲除之而后快，这实在是找错了情绪发泄的对象。绩差公司的问题主要是由于政府人为控制股票的发行，以致其产生了“壳价值”，进而导致股价虚高；假如取消了股票发行的审批制，绩差股的股价回归本位，自然也就不再成为一种令人刺眼的“公害”了。再者，现有的退市制度已经足以促使绩差公司产生重组的动机。场内与场外的价差那么大，企业“保壳”的动机原本就是十分强烈的。人们通常只是看到绩差公司在重组中所获得的利益，而不知其为保壳和重组所付出的代价。直接退市的案例之所以比较少，是因为上市公司在退市制度的压力下成功地进行了重组。也就是说，现有的退市制度的确已经发挥了它的积极作用。然而，有人却对此置之不顾，一定要看到更多的退市事件实际发生，这岂不是一种“头痛医头、脚痛医脚”的思维方式？
监管部门显然已经认识到，在绩差公司退市以后，仍然需要为其股票转让提供某种途径。可是，这一思路需要继续延伸出去：第一，这样的“途径”其实就是一种市场或交易所性质的组织；第二，在如今电子化交易手段已经十分便利和普及的背景下，这样的“市场”显然也可以采用与沪深交易所差不多的方式。难道为了“惩罚”这些绩差公司，一定要采用某种原始的交易方式（例如所谓的“柜台交易”），以图使其股票交易不那么便利吗？难道绩差公司的股票交易不应当节约成本和提高效率吗？这显然是荒谬的。第三，假如这个设想中的市场也采用类似沪深交易所的运作方式，如何确保它将“低于”沪深交易所呢？假如企业（无论IPO或重组以后）愿意选择这个交易所而不是沪深交易所进行上市呢？假如某个优质企业愿意终身呆在这个交易所呢？按照这样的逻辑推理下去，我们就可以得出一个结论，即“多层次资本市场体系”只不过意味着设立第三家甚至更多的交易所，或者说，交易所的设立需要实行自由化。
当然还可以有另一个选择，也就是暂且继续沿用现行的特许制度，股票交易所无论设立几个，设于何处，都由中央政府以“一事一办”的方式进行审批。然而，根据以上论述，试图人为设定不同股票市场之间层级的目标无论如何是不易实现的。这种层级要么经由自由竞争自然形成，要么还不如维持现状。鉴于不可能强制指定某个交易场所专门负责接收垃圾股，我们可以得出一个结论，即只要交易所认为某些垃圾股挂牌是有利可图的，同时企业自身又愿意保持上市地位，那么就没有必要提高退市的标准，或者对此进行行政干预。这些垃圾股挂牌在交易所，并不会损害什么人，也不有碍观瞻。绩差企业是市场经济体系的一部分，它的存在甚至是必不可少的。现有的交易所可以采取在其内部再划分子市场，修改行情显示方式等做法来细分市场。纳斯达克、香港联交所等事实上也都是这么做的。我们需要认识到，在电子化交易时代，单个电子市场本身可以具有极大的容量，因而不同市场之间的结构已经更加扁平化了，不能把那些在工业时代所形成的层级观念简单套用过来。与此相反，在交易所特许制之下，应当确立的实际上是这样的原则，即只要不赔本，原则上交易所应当有义务接纳任何股份公司在其中挂牌，为其股票交易提供便利。这种义务应当作为交易所获得或维持其特许经营权的一种对价而存在。
对于许多读者来说，这个结论也许有些令人意外，其实这不过只是讲出了一些平常的道理而已。
