故宫的内右门的西边就是军机处，这里是为皇帝直辖的办事机构，其权利仅次于皇帝，众臣之上，其地位相当于是古时候的宰相。不过清朝是以军机处整个部门承担其责任，而不是某一位宰相。最初设立军机处是在雍正年间，其前以内三院议军国大事，基本上是由皇亲贵戚担任议政诸王大臣。
不过他们出身虽然高贵，却不谙世务，故议政多所不当。雍正初设军机在其继位之七年，时青海有军事，设立军机房，以亲王大臣总领军机房事务。后改名总理处，到乾隆三年复名军机处。
乾隆年间，大臣入直军机处，皇帝毎天做诗，或用朱笔草写，或口授，再由军机大臣誉写，叫做诗片。经过相当一段时间，其人誊写记录无误，才让他撰写谕旨，这样才不会把皇帝的笔迹或口授搞错。于敏中在军机处时，记录誊写皇帝的诗文，无一字差错。
后来梁国治也到军机处，负责处理政事。某日，二人同被召见，乾隆口诵诗文，于递眼色给梁，梁不懂其意。等召见完出来，于等梁誉录出来，但等了半天也不见梁誊写拿来，一问才知道他根本是一团迷糊。于只好默坐静室之中，不一刻就全部靠记忆誉录清楚，呈上后一看，仅差错一两个字。于的才能自非常人可比，而当军机大臣侍奉皇帝之艰难也由此可知一二。
最初，康熙时谕旨的拟撰，常命南书房的翰林执笔。到雍正时用兵西北，事关机密，而内阁在太和门外，官员众多，怕泄漏机密，才在隆宗门内设军机房，从内阁中书选择谨慎保密的人员到军机房值班，地近内廷，比之太和门外的内阁，更便宣召。而担任军机处大臣的，均为亲臣重臣，于是清廷政权中心就落到了军机处身上。最初的军机房仅为板房数间，到乾隆初年才建为瓦屋。
从隆宗门进去，北侧房子为军机处，军机大臣在此值班，南侧房屋则为军机处章京值班处。每天寅时(晨五时)，军机大臣及军机章京即换班入值。辰时(上午九时)，军机大臣才入宫晋见，有时事急，则不待辰时即召见军机大臣。每日一般召见一次，事急时则召见数次。军机章京随军机大臣进宫，但只能在南书房恭候，而军机大臣则到皇上面前，铺席于地，赐坐于席上。面授机宜毕，大臣出，则吩咐章京起草文书。
军机处银质印玺，收藏在内廷，取印的钥匙由领班的军机大臣佩带。有时官书需盖印，则由值班章京到内奏事房向宫内太监请印，再向军机大臣请钥，尔后启用，用毕即行送进。凡请印请钥，均需执金牌为证。金牌由纯金制成，五分宽，厚约一分，长约二寸，上刻军机处三字，由领班军机大臣携佩。若随皇帝出行外地，则提前一天从内廷把银印请出，交领班军机大臣佩带保管，回京后即行送进内廷。
军机章京，虽不能直接面见皇帝，显示才能，但若能抓住机，亦可展才华，官运亨通。乾隆末年，戴衢享、吴熊光为军机章京，某夜两人共同值班。半夜忽有某省的紧急递折送进宫内，皇上披阅毕，即召军机大臣甚急。而军机大臣一时赶不到，只有两名军机章京在值班房恭候。皇上问是哪两人?报以姓名后当即召入，口授机宜，命两人马上草拟谕旨进呈。两人出来，到值班房拟旨，运笔如飞，立刻拟好呈进，文章写得晓畅周备，完全合乎皇上的意旨。于是特赏两人三品顶戴，并跟军机大臣协助办事，后两人均成乾隆重臣，直至嘉庆时仍深受重用。
而实无才能者，虽侥幸升官，终究没有好下场。巴延三初为军机处司员，无什么能力，人们都鄙视他。一次值夜时，有西域用兵的急报送到，而军机大臣都不在，乾隆只好把巴叫进宫去，站在窗下，面授机宜，共说了几句话。可是巴延三是位小臣，头一次亲眼看到皇帝的龙颜，当时战战栗栗，出宫后把皇帝的口谕全部忘记，一个字也记不起来。幸亏有个侍臣叫郑罗哩，一向聪黠，颇解皇上心意，于是代巴起草谕旨。皇上一看，十分满意，一再称赞，问是谁人所写，并记住他的姓名。几天以后，乾隆忽对文忠公傅恒说：你们军机处有这样的良才，为何早不向朕登荐?当即封为潼商道抚台，不几年就升官为两广总督。但他毕竟无什么才能，在总督任上一无建树，终以贪黩而被罢官。
和坤为清代最大贪污之臣，他任军机大臣时，与同僚关系都不好，当时军机大臣值班时，竟然各在一处，不同在值班房内。和坤总是在内右门内的值班房内，而阿桂则在军机处，王杰、董诰则在宫内南书房中，福隆安却在造办处。每天皇上召见时，他们都联行而入，一等召见完毕，出宫后又各回各处。
文瑞公王杰耿直不阿，不与和坤亲近，虽和坤势力显赫，王仍不卑不亢，不与他交际。除议政时与和坤坐在一起，此外则总是默然独坐，距和坤的坐位甚远。一天，和坤故意走到王杰座前，拉起王的手说：这双手这样柔荑!王杰则正色问答：杰手虽好，只是不会要钱。和坤一听，艴然而退。
军机处为机密要地，清室规定：自亲正，贝勒、贝子、公爵、文武大臣，都不准到军机处与军机大臣谈说事体，违者重处不赦。为此，专派都察院科道官一名，每日到内务府值班房监枧，直到军机大臣下班后才可以下班。但这是嘉庆年间的规定，到了道光皇帝时，则已宽弛不禁。如彭咏莪曾说，道光年间他在军机处值班时，甚至有宫内的太监拿着西洋铜盒到军机处兜售。铜盒用钥匙旋转发条后，自行打开，从中跃出翠鸟一只，鼓翅伸颈，嘤嘤作声，回翔久之，才鸟入盒闭。
嘉庆时还规定，每天由满汉两名御史轮流站立军机处台阶上，若有人随意进入，则当场纠查弹劾。除非奉了皇帝的特旨，需要到军机处恭听宣读谕旨的官员，才能在军机处门帘之外拱立静听，而且事毕就要立刻退出。其后更是连这种人也不能进入。凡有谕旨宣布，只准接旨官员在军机处台阶下恭听。不仅不许随意进入，即便在军机处帘前、窗外、阶下闲人窥视，也严加禁止。军机章京房，也是同样。章京房后，本来另有小门空院，怕有人在此传递透漏消息，也将此门封死，以防出入。
军机处虽为机密之地，重机之位，但其房内设备却很简陋。如章京值班房有房五间，房间狭窄，领班章京所用为方桌，其余章京所用为长方小桌。桌面都粘贴兰布，垢腻殆遍，点白蜡四五支，烟雾弥漫，坐用方凳而已。
清朝初设军机处时，禁止亲王贵族入军机参预国政，但其后则对这项祖制逐步破坏。嘉庆四年首次以成亲王入值军机处，但不久因不合祖制而罢免。到咸丰时，怡亲王、郑亲王为军机大臣，因跋扈专权而被杀。同治、光绪两代皇帝均无实权，故长辈的亲王如醇亲王、恭亲王均专掌军机大权。其后直到清末叶，亲王充任军机大臣反而成了惯例，更无人以祖制祖训对此进行批评。
军机大臣因处机密重权之地，若胆大妄为者尽可蒙蔽皇上，贻误国事。道光年间，穆彰阿得君最专，把持军机权柄最久，外省督抚常先咨询他的意思，才写奏疏。当太平天国初起之时，穆揣知皇帝因天下财力已穷，听说有所兴兵总是不快，便对此事秘而不报，直到咸丰初年，起义军大势已成，无法秘隐，才报知皇上，但为时已晚。所以王闓运有诗记之：
洪杨窃名号，倡和连浔酲。
琛也起州县，奏草先中枢。
彰云上厌事，调发烦军输。
文宗既龙飞，其变乃具疏。
洪、杨即太平天国领袖洪秀全、杨秀清，彰即穆彰阿，上即道光皇上，文宗即咸丰皇帝。
然而真正有雄心壮志的人担任军机大臣时，也往往很能有所作为。左宗棠入军机时，锐意欲有为。曾听一章京说：公虽欲有为，但成例具在，丝毫难于施展计划。况且每日陈奏发布，急如星火，更无暇进行推敲，以期完善。有时是明日要进呈，今天才能定稿，全无时间进行修改更正。若有什么建议，也是大多被中途搁置，无人问津。所以左宗棠入值军机不久，就极力要求离去。
一般而言，身为军机大臣，心术不正者如和坤、稳彰阿、诸亲王之流，则或贪赂，或欺上，或专权，品行端洁者则仅能洁身自好而已。如董诰入値军机三十余年，见人从无疾言厉色，完全像雍正为军机处的题额一样，“一团和气”而已。
到清朝晚期，太后秉政，军机处更是形同虚设。光绪在太后制下，虽想进行改良，曾命谭嗣同、杨锐、林旭、刘光地四个改良人物为军机章京，参预新政，但很快被太后反击，四人均壮烈牺性，而光绪愈为太后忌恨。到义和团大盛之时，太后、皇帝开御前会议，义和团的大师兄、众师兄竟与军机大臣、外务大臣、六部九卿同列入朝。只见一班是红顶珠掛的大臣，一班是短衣红布包头的众师兄，济济满堂，而每议一事，总是红布包头者慷慨陈词，诸红顶者附和随声。最后八国联军攻进北京，太后皇上仓惶西逃之后，军机处的王文韶只好抱着军机处银印追奔三日，才在怀来追上太后，那时的军机处，真是到了穷途末路，真实地显示了满清行将灭亡的衰败景象。
清朝军机处活动前后一百八十年，入值军机者多为有才的文士，他们对军机处的活动常写下不少有趣的诗文，使后人对军机处有更深的了解。如清代著名学者赵翼入值军机时，曾写有《军机夜值》二首律诗，其一云：
清切方知圣主劳，手批军报夜濡毫。
锦囊有策兵机密，金匮无书庙算高。
乐府佇听朱鹭鼓，尚方早赐紫貂袍。
书生眊笔惭何补，不比沙场斫贼刀。
这是正面的褒扬文字，也有不少诙谐的游戏文字，如某军机处前辈戏作《军机时文》二股云：
辰初入如意门，流水小桥边。换去衣包于厨子，解浊则清茶一碗，清闲则画烛三条。两班天鹄立枢堂，独得于八工忘无事之时，捧银毫而共商起草。未正发归心之箭，斜阳窗外，频催抄折于先生。封皮则两边齐飞，垂手则双行并写。八章京蚁旅直屋，相与循四日该班之例，交金牌而齐约看花。
玉表金钟到卯初，烹茶洗脸费工夫。
薰香侍女披貂褂，傅粉家奴取数珠。
马走如龙车如水，主人似虎仆似狐。
昂然直入军机处，笑问中堂到也无?
《穷章京》诗云：
约略时光到卯初，劈柴开火费功夫。
老妾被面掀貂褂，丑婢墙头取数珠。
马走如牛车如碾，主人似鼠仆似猪。
蓦然溜进军机处，悄问中堂到也无?
