鳄鱼虽然是半水生动物中的上层掠食者，拥有着极为厚实且坚硬的鳞甲，但实际上它也有着很多天敌，比如公牛鲨、美洲狮、河马以及犀牛等，不过小型鳄鱼的最主要天敌还是鲸头鹳，它虽然智商感人，但是却拥有着极强的撕咬力。
河马:河马虽然是一种草食性动物，但它的体型庞大，尤其是嘴巴和牙齿极为硕大，下颌骨前端长有两颗长达14厘米的犬齿，极为尖锐，而它的嘴巴能张开至极限的180度，咬下来能够轻易的刺穿鳄鱼的鳞甲。
即便是成年鳄鱼也无法承受被河马咬上一口，因为河马的牙齿很可能会击断它的背部骨骼。并且鳄鱼大多是将猎物拖到水中淹死，但是河马却是水中能手，可以说对它毫无用处，所以河马成为鳄鱼的天敌是当之无愧的。
美洲豹:美洲豹的食性极为广泛，包括了鱼类、龟、鸟类、哺乳动物等，狩猎方式极为简单就是直接咬断颅骨造成猎物的脑死亡，而这种攻击方式也使得它能够杀死大型鳄鱼-凯门鳄，而且凯门鳄也是美洲豹最主要的食物，加上鳄鱼总是喜欢趴在沙滩上晒太阳，且在陆地上行动缓慢，也就成了美洲豹的最好猎物，成为天敌也是没得说。
2. 小型鳄鱼
鲸头鹳:鲸头鹳曾经一度因为智商低到下线而在网络上走红，但就是这样一种蠢萌的水鸟却有着能够对抗小型鳄鱼的咬合力，鲸头鹳最占优势的就是长有一具非常硕大且修长的嘴巴，这样使得它成为了世界上头最大的鸟，它的嘴巴上类似刀锋般的边缘能保证它一口就将小鳄鱼的皮肤刺穿，并且它长有极为细长的双腿，非常便于它站在长有茂密水草的沼泽边觅食小鳄鱼。
