南水北调东线山东段工程涉大量古代文化遗存，山东省高度重视施工过程中的文物保护工作，采取“避让”、抢救性发掘等办法，发现和保护了大量珍贵文物、遗迹。
据介绍，山东省2004年成立了南水北调东线山东段文物保护工作办公室，到目前共拨付文物保护经费6700多万元。南水北调东线山东段建设过程中，曾多次调整设计方案，避让了20多处文物点。
据悉，山东在南水北调调水沿线共考古勘探220多万平方米，涉及地下文物点60多个，地上文物点5处，发掘30多个文物点，发掘面积9万平方米，发现大量珍贵文物、遗迹等。很多发现均在国内外考古界引发不小的震动，填补了多项空白。考古人员在济平干渠段发掘了大街遗址、大街汉代画像石墓地、四街遗址、卢故城墓地、小王庄墓地；在梁济运河段发掘了城子崖遗址、梁庄遗址、马垓墓地和薛垓墓地。
在南水北调第二批控制性文物保护项目中，寿光市双王城水库盐业遗址和高青县陈庄遗址，分别获得国家文物局2008年和2009年全国考古十大发现称号
