1、申请机构不同。版权登记的主管单位是国家版权局，商标注册的管理单位是国家工商行政管理局商标局；
2、保护对象不同。商标权保护的对象是文字、图形或者其组合构成的注册商标，版权主要保护是作者所所创的文学、艺术和科学作品；
3、保护期限不同。商标注册的有限期是10年，有限期满后可以续展注册；版权的保护期限为作者终生及其死亡后50年。
4、保护的目的不同。商标注册保护的目的是为了促进生产者保证商品质量和维护商标信誉，保障消费者的利益；版权则保护的目的是鼓励有益于社会的作品创作和传播，促进社会文化和科学事业的发展和繁荣。
1、商标注册权和版权同属知识产权并且都是无形资产，受到法律的保护；
2、商标权版权都受时间和地域限制。
二、为什么要进行版权登记
当产生纠纷时，权利人常常遇到举证困难，因此各国均鼓励作者对创作作品进行版权登记，以便在今后的行政救济和司法诉讼时作为权利的初步证明。同时，作者在进行版权贸易，进行版权转让、许可使用等活动时，也需要这样的权利证明文件来方便与另一方签订转让、许可使用等合同。维护作者或其他著作权人和作品使用者的合法权益，有助于解决因著作权归属造成的著作权纠纷，并为解决著作权纠纷提供初步证据。
三、商标注册是什么意思
商标注册，是指商标所有人为了取得商标专用权，将其使用的商标，依照国家规定的注册条件、原则和程序，向商标局提出注册申请，商标局经过审核，准予注册的法律事实。经商标局审核注册的商标，便是注册商标，享有商标专用权。
综上所述，版权登记与商标注册的区别在于申请的机构都是不同的，版权和商标本就是两个不同的概念，商标注册保护主要为了保证商品质量，维护商标信誉，而版权则是对社会上作品创作进行传播。
