协议离婚结婚证丢了可以选择“先补结婚证再办离婚证”的方式，即双方先到民政部门补办结婚证，然后再办理离婚登记手续。
如果夫妻二人的两本结婚证都丢失但需要离婚的，婚姻登记机关可根据结婚登记档案或当事人提供的结婚登记记录证明等证明材料办理离婚登记。
《婚姻登记工作规范》
第五十五条受理离婚登记申请的条件是： (一)婚姻登记处具有管辖权; (二)要求离婚的夫妻双方共同到婚姻登记处提出申请; (三)双方均具有完全民事行为能力; (四)当事人持有离婚协议书，协议书中载明双方自愿离婚的意思表示以及对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致的意见; (五)当事人持有内地婚姻登记机关或者中国驻外使(领)馆颁发的结婚证; (六)当事人各提交2张2寸单人近期半身免冠照片; (七)当事人持有本规范第二十九条至第三十五条规定的有效身份证件。
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