分居三年不算自动离婚，依据我国法律规定，双方感情破裂，可以直接办理离婚手续，如果双方对财产分割、子女抚养等达不成一致意见的，可起诉到法院离婚。对于分居多久才可以离婚，法律是没有规定，不论分居多长时间，如果双方都不提出离婚，婚姻不会自动解除的。如果起诉到法院离婚，分居满2年，法院会支持离婚。
二、怎样算分居
1、分居要具备——感情不和、分开居住、不履行夫妻间义务
目前法院认定的分居，就是指因夫妻感情不和，双方分开居住，且互不履行夫妻之间的义务(包括性生活等)。虽然不在一起住了，但不是因为感情不和原因，而是因为其他原因。工作地点原因，或其他客观原因的，不是法律意义上的分居。比如，一个工作在北京，一个工作在上海，现一方提出离婚，提出已分居了两年，因为有工作地点的因素，法院很难认定构成婚姻法上的分居。
2、夫妻常年异地居住算不算法律意义上的分居
许多人不理解如果夫妻常年异地居住，算不算法律意义上的分居。当然不一定算法律上的同居。法律上的分居是以夫妻双方因为感情不和而不存在性生活的共同居住，互相不履行夫妻义务为标志。
3、同居不履行义务算不算法律意义上的分居
如果同住一套房，不在同一张床睡，但感情不和，不履行夫妻间相互的义务，算不算法律意义上的分居?这种情况下法官在开庭时开庭时难以认定同居，例如一旦一方否认分床睡，另一方不好举证证明分床事实或没有性生活事实，因此不认定为分居。
证明夫妻分居的常见证据：
1、一方在外居住的房屋租赁合同;
2、双方签订的夫妻分居书面协议，一定是要书面的，口头协议必须对方承认;
3、一方向另一方发出的书面分居文书，最好是用快件性质邮寄，在备注栏里注明“分居”，并且保留邮寄凭证，从邮寄之日起到提起离婚期间属于夫妻分居时间;
4、双方来往的书信、电子邮件等
能证明双方感情不和分居的事实;
5、人证也可以，比如双方都认识的朋友或者亲戚，不过因为证人往往和为其作证的一方有利害关系，以及分居是夫妻“私事”，所以单独的证人证言难为法院采信，要辅佐以其他的证据。
在现代社会，很多的人为了自己的孩子而保持一种婚姻的关系，但是双方确实感情已经不再像以前那么浓烈了，会导致分居的状况分居满一定的时间，在进行诉讼，离婚的时候，法院会考虑到这样一种情况，而更有可能的判决离婚。
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