一、宅基地被邻居占了三米应该找哪个部门来处理
如果是宅基地权属纠纷，应该先到乡镇人民政府或县级国土资源部门进行处理，对处理的决定不服经过行政复议后，方可行政诉讼，应到县级人民法院。若是宅基地权属清楚、可以直接向宅基地所在地的县级人民法院提起诉讼。
二、关于农村宅基地纠纷立案时应当把握的问题
1、对原告资格的审查。原告应当是与争议宅基地有直接利害关系，即对该宅基地直接主张权利或因他人对其合法使用的宅基地实施了侵权行为而诉请人民法院保护的人。在原告提起侵权之诉时应当提交宅基地使用证。
2、对被告资格的审查。
(1)被告与原告所主张的权利有直接的法律上的利害关系，例如全部或部分占有争议宅基地的人;
(2)妨碍原告合法使用宅基地的人，例如，越界建房的人、阻止他人施工的侵权人等。
3、是否属于法院主管的宅基地纠纷。首先，审查是否属于行政案件;其次，审查有无其他不属于法院管辖的情况，如：国家机关、企事业单位将其使用的国家或集体所有的土地给单位职工建造私房，职工为建房用地发生纠纷的。
另外，最高人民法院批复规定：“行政机关对土地争议的处理决定生效后，一方当事人不履行的，对方当事人不应以民事侵权案向法院起诉，应向行政机关提出申请，该行政机关依照《行政诉讼法》第六十六条的规定，可以申请人民法院强制执行，或依法强制执行。”在具体执行这一批复时应当把握，如果当事人所提侵权事项是处理决定未涉及的则应当立案受理。
4、宅基地案件按专属管辖的原则应当由宅基地所在地法庭或法院受理。把握立案时的审查只是根据原告的诉称作程序上的审查，并不做实体上的审查。经审查符合立案条件的立案受理，不符合条件的告知当事人到有管辖权的部门处理。坚持起诉的，裁定驳回起诉。
在这里跟大家强调一下，土地的所有权是国家和集体的，个人只有土地的使用权，所以土地是不可以进行继承的，包括农村宅基地的土地，但是土地上的房屋是属于个人的合法权益，这个是可以继承的。
