残疾人保证金的计算方式：
应缴纳的保证金=（上年用人单位在职职工人数X所在地省、自治区、直辖市人民政府规定的安排残疾人就业比例-上年用人单位时间安排的残疾人及就业人数）X上年用人单位在职职工年平均工资。
残疾人保证金的缴纳流程如下：
1、残疾人就业情况审核。已安排残疾人就业的用人单位应于8月1日至9月15日，向主管地方税务机关所在地的残疾人就业服务机构申报上年本单位安排的残疾人就业人数，并由该机构进行审核。未在规定时间内申报的，视为未安排残疾人就业。
2、申报缴纳地点。用人单位应向申报缴纳个人所得税的主管地方税务机关申报缴纳保障金。
3、申报缴费期限。保障金的申报缴费期限为11月1日至12月15日。
4、申报缴纳方式。用人单位可以选择网上申报或上门申报的方式进行保障金申报，并对申报信息的真实性、完整性负责。依照有关规定不需缴纳保障金的用人单位也要进行“零申报”。
5、申报需提交的资料。选择上门申报方式的用人单位已安排残疾人就业的，应当提交《北京市用人单位安排残疾人就业情况审核确定书》和《残疾人就业保障金缴费申报表》。未安排残疾人就业的，应当提交《残疾人就业保障金缴费申报表》。
6、逾期惩罚：用人单位未按规定缴纳保障金的，按照《残疾人就业条例》的规定，由保障金征收机关提交财政部门，由财务部门予以警告，责令期限缴纳，逾期仍不缴纳的，除补缴欠缴数额外，还应当自欠缴之日起，按日加收5‰的滞纳金。滞纳金按照保障金入库预算级次缴入国库。
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