法院处理非法集资的方式是：对案件侦查审判完毕后，对追缴回的款项，按被集资人的集资额比例，扣除案件侦破和审理的费用后的余额返还给被集资人;对于非法集资的犯罪嫌疑人进行相应的刑事处罚。人民法院在审理民事案件或者执行过程中，发现有非法集资犯罪嫌疑的，应当裁定驳回起诉或者中止执行，并及时将有关材料移送公安机关或者检察机关。
二、关于涉案财物的追缴和处置问题如何规定?
向社会公众非法吸收的资金属于违法所得。以吸收的资金向集资参与人支付的利息、分红等回报，以及向帮助吸收资金人员支付的代理费、好处费、返点费、佣金、提成等费用，应当依法追缴。集资参与人本金尚未归还的，所支付的回报可予折抵本金。
将非法吸收的资金及其转换财物用于清偿债务或者转让给他人，有下列情形之一的，应当依法追缴：
(一)他人明知是上述资金及财物而收取的;
(二)他人无偿取得上述资金及财物的;
(三)他人以明显低于市场的价格取得上述资金及财物的;
(四)他人取得上述资金及财物系源于非法债务或者违法犯罪活动的;
(五)其他依法应当追缴的情形。
查封、扣押、冻结的易贬值及保管、养护成本较高的涉案财物，可以在诉讼终结前依照有关规定变卖、拍卖。所得价款由查封、扣押、冻结机关予以保管，待诉讼终结后一并处置。
查封、扣押、冻结的涉案财物，一般应在诉讼终结后，返还集资参与人。涉案财物不足全部返还的，按照集资参与人的集资额比例返还。
司法机关在对非法集资的案件进行取证调查的过程中需要结合实际的犯罪情况来进行判刑的处理，对非法集资所得进行没收，并且在判刑处理完毕后，根据收缴的情况向受害人和集资人进行返还，当事人应当提供相关的集资的证明文件来进行具体金额的确定。
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