两者的区别主要表现在犯罪的主观故意不同，非法集资罪是行为人采用虚构事实、隐瞒真相的方法意图永久非法占有社会不特定公众的资金，具有非法占有的主观故意;而非法吸收公众存款罪行为人只是临时占用投资人的资金，行为人承诺而且也意图还本付息。
1、从筹集资金的目的和用途看，如果向社会公众筹集资金的目的是为了用于生产经营，并且实际上全部或者大部分的资金也是用于生产经营，则定非法吸收公众存款罪的可能性更大一些;如果向社会公众筹集资金的目的是为了用于个人挥霍，或者用于偿还个人债务，或者用于单位或个人拆东墙补西墙，则非法集资罪的可能性更大一些。
2、从单位的经济能力和经营状况来看，如果单位有正常业务，经济能力较强，在向社会公众筹集资金时具有偿还能力，则定非法吸收公众存款罪的可能性更大一些;如果单位本身就是皮包公司，或者已经资不抵债，没有正常稳定的业务，则定非法集资罪的可能性更大一些。
3、从造成的后果来看，如果非法筹集的资金在案发前全部或者大部分没有归还，造成投资人重大经济损失，则定非法集资罪的可能性更大一些，如果非法筹集的资金在案发前全部或者大部分已经归还，则定集资诈骗罪的余地就非常小，一般应定非法吸收公众存款罪。
4、从案发后的归还能力看，如果案发后行为人具有归还能力，并且积极筹集资金实际归还了全部或者大部分资金，则具有定非法吸收公众存款罪的可能性;如果案发后行为人没有归还能力，而且全部或者大部分资金没有实际归还，则具有定集资诈骗罪的可能性。
一是未经有关监管部门依法批准，违规向社会(尤其是向不特定对象)筹集资金。如未经批准吸收社会资金;未经批准公开、非公开发行股票、债券等。二是承诺在一定期限内给予出资人货币、实物、股权等形式的投资回报。有的犯罪分子以提供种苗等形式吸收资金，承诺以收购或包销产品等方式支付回报;有的则以商品销售的方式吸收资金，以承诺返租、回购、转让等方式给予回报。三是以合法形式掩盖非法集资目的。为掩饰其非法目的，犯罪分子往往与受害者签订合同，伪装成正常的生产经营活动，最大限度地实现其骗取资金的最终目的。
非法集资活动以高回报为诱饵，以骗取资金为目的，破坏了金融秩序，影响金融市场的健康发展。
二是严重损害群众利益，影响社会稳定
非法集资有很强的欺骗性，容易蔓延，犯罪分子骗取群众资金后，往往大肆挥霍或迅速转移、隐匿，使受害者(多数是下岗工人、离退休人员)损失惨重，极易引发群体事件，甚至危害社会稳定。
三是损害了政府的声誉和形象
非法集资活动往往以“响应国家林业政策”、“支持生态环境保护”等为名，行违法犯罪之实，既影响了国家政策的贯彻执行，又严重损害了政府的声誉和形象。
非法集资经营罪与非法吸收公众存款罪的区别主要区别为占有财产的主观目的上，非法集资经营罪具有非法占有的主观故意，而非法吸收公众存款罪仅是犯罪人临时占有投资人财产，并承诺之后还本付息的犯罪行为，二者对金融秩序均造成严重影响。
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