只是非法拘禁三个小时不能立案。国家机关工作人员涉嫌利用职权非法拘禁，具有下列情形之一的，应予立案：
在对国家机关工作人员实施的非法拘禁行为是否构罪上，有一个“度”的规定，只有超过了这个度，才追究其刑事责任。国家机关工作人员因为其身份的特殊性，法律对其的要求比一般群众要严。
《刑法》第二百三十八条 【非法拘禁罪】非法拘禁他人或者以其他方法非法剥夺他人人身自由的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。具有殴打、侮辱情节的，从重处罚。
犯前款罪，致人重伤的，处三年以上十年以下有期徒刑;致人死亡的，处十年以上有期徒刑。使用暴力致人伤残、死亡的，依照本法第二百三十四条、第二百三十二条的规定定罪处罚。
国家机关工作人员利用职权犯前三款罪的，依照前三款的规定从重处罚。
非法拘禁罪的主体既可以是国家工作人员，也可以是一般公民。从实际发生的案件来看，多为掌握一定职权的国家工作人员或基层农村干部。另外，这类案件往往涉及的人员较多。有的是经干部会议集体讨论决定的;有的是经上级领导同意或默许的;有的是直接策划、指挥者，有的是动手捆绑、奉命看守者。因此，处理时要注意，依法应当追究刑事责任的，只是其中的直接责任者和出于陷害、报复和其他卑鄙动机的人员。对其他人员应实行区别对待，一般不追究刑事责任。
主观要件非法拘禁罪在主观方面表现为故意，并以剥夺他人人身自由为目的。过失不构成非法拘禁罪。非法拘禁他人的动机是多种多样的。有的因法制观点差，把非法拘禁视为合法行为;有的出于泄愤报复，打击迫害;有的是不调查研究，主观武断、逼取口供;有的是闹特权、耍威风;有的是滥用职权、以势压人;也有的是居心不良，另有所图。不管出于什么动机，只要具有非法剥夺他人人身自由的目的，故意实施了非法拘禁他人，即构成非法拘禁罪，如果非法剥夺他人身自由是为了其他犯罪目的，其他犯罪比非法拘禁罪处罚更重的，应以其他罪论处。
非法拘禁的立案标准在法律上有明确的规定，必须符合相关立案标准的公安机关才会进行立案处理，在司法实践中，对非法拘禁的相关事项处理应当根据司法机关的相关规定进行，公民被非法拘禁的情况下，还可以向执行非法拘禁的上级行政机关进行行政复议，要求对相关情况进行重新认定。
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