犯聚众扰乱军事管理区秩序罪的，对首要分子，处三年以上七年以下有期徒刑;其他积极参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。
本罪只追究聚众扰乱军事管理区秩序的首要分子和积极参加者的刑事责任，而不追究一般参与者。“首要分子”，是指在聚众扰乱军事管理区秩序犯罪活动中起组织、策划、指挥作用的犯罪分子;“积极参加的”，是指主动参加扰乱军事管理区秩序犯罪活动的，在实施犯罪起了重要作用或者有其他犯罪行为的等。
对聚众扰乱军事管理区秩序的首要分子，在判处主刑的同时，一般也应附加剥夺政治权利。
(一)区分本罪与非罪的界限
本罪以聚众扰乱军事管理区秩序“情节严重”，“致使军事管理区工作无法进行”，“造成严重损失”作为犯罪构成要件。认定时，这三个条件必须同时具备，缺一不可。否则，不构成犯罪。情节轻微，尚不够刑事处罚的，比照《治安管理处罚条例》第十九条处罚。
(二)区分本罪与聚众扰乱社会秩序罪的界限
聚众扰乱社会秩序罪，是指聚众扰乱社会秩序，情节严重，致使工作、生产、营业和教学、科研无法进行，造成严重损失的行为。两罪在犯罪主体、主观方面、客观方面相同或者近似，其主要区别在于：一是犯罪客体不同。前者侵犯的直接客体是军事管理区秩序;后者侵犯的直接客体是社会管理秩序。二是犯罪对象不同。前者的犯罪对象是军事管理区，后者的犯罪对象是非军事管理区。
聚众扰乱军事管理区秩序罪是指聚众扰乱军事管理区秩序，情节严重，致使军事管理区工作无法进行，造成严重损失的行为。
所谓"军事管理区"，是指国家根据军事设施的特点、使用、安全保密的需要和使用交通的要求，在依法划定的陆域、水域的一定范围内,采取比较严格保护措施的区域。所谓"致使军事管理区工作无法进行"是指军事管理区内的训练、教学、科研、指控等工作无法正常进行。
聚众扰乱军事管理区秩序罪的罪量要素是情节严重，致使军事管理区工作无法进行，造成严重损失。这里的情节严重，是指战时聚众扰乱军事管理区的;长时间或者多次实施扰乱行为的;使用暴力或者采取其他恶劣手段的;纠集人数多、规模大的等。造成严重损失，是指导致军事秘密泄露的，致人伤亡的，造成严重经济损失或者严重政治影响的等。
本罪的主体是一般主体。即达到刑事责任年龄具有刑事责任能力的自然人均可构成本罪。本罪属必要共犯，能构成本罪主体的只能是聚众扰乱军事管理区秩序的首要分子和其他积极参加者。其他人员即使参加了聚众扰乱，亦不以本罪论处，但不排除可以给予其他处罚，如罚款、行政拘留、劳动教养等。
聚众扰乱社会秩序罪，是指聚众扰乱社会秩序，情节严重，致使工作、生产、营业和教学、科研无法进行，造成严重损失的行为。两罪在犯罪主体、主观方面、客观方面相同或者近似，其主要区别在于:一是犯罪客体不同。前者侵犯的直接客体是军事管理区秩序;后者侵犯的直接客体是社会管理秩序。二是犯罪对象不同。前者的犯罪对象是军事管理区，后者的犯罪对象是非军事管理区。
通过上述对于聚众扰乱军事管理区秩序罪的相关内容的详细介绍，可以从上文小编整理的有关此罪的资料中了解到，犯此罪的主要人员处以三年以上七年以下有期徒刑，非主要人员处以三年以下有期徒刑或拘役等处罚。如果涉案人员的行为造成了严重的后果，那么参与人员会被追究严重的刑事责任。
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