需要根据实际情况判断，
1、如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不批捕不起诉的，则不会有案底;
2、如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。简单说来就是如果检察机关认为犯罪嫌疑人本身不构成犯罪而不予起诉的就不会留下案底，但是如果检察机关是因为犯罪嫌疑人为了犯罪事实但由于某些原因而没有提起诉讼的就会留下案底。仔细想想确实也应该这样，案底本来就是对犯罪行为的一个记录，因此一旦犯罪嫌疑人为了犯罪行为就应当留下案底。
3、检察院不予批捕的话,犯罪嫌疑人会被取保候审,但还是在刑事诉讼程序中,如果最后被判了刑,那就还是有案底。除非,刑事案件被撤案,那就不会有案底,或者检察院对犯罪嫌疑人不起诉,不起诉就不会被判刑,那也没有案底。
二、检察机关不予起诉的情形
检察机关不予起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件或对自行侦查终结的案件，经审查后，认为案件具有尚未达到起诉的条件，而作出的不将案件移送人民法院进行审判的决定。
检察机关不予起诉主要有三种情形。
第一，法定不起诉。，其适用条件为：
⑴情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
⑵犯罪已过追诉时效期限的;
⑶经特赦令免除刑罚的;
⑷依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
⑸犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
⑹其他法律规定免予追究刑事责任的。
第二，酌定不起诉。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
第三，存疑不起诉。对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。
案底指的是刑事犯罪的记录，是否会留有案底最重要的判断标准就是是否有犯罪的事实，因为根据相关的规定，有些情况虽然有犯罪事实，但是情节轻微的话，可能会做出不予批捕或者是不起诉的决定，但是这种情况下还是会留有案底的。
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